Юристы на помощь, как поступить несчастному кадровику в такой ситуации..

Если работодатель не заинтересован в дальнейшем сотрудничистве с этим работником, то существует 1000 и 1 способ уволить его ))))). А если работник ценный- пусть работает по старой оплате труда. Если новая система действительно выгодней рано или поздно признает свою неправоту и принесёт заявление...

вы, наверно, хотели сказать, что "несмотря на уменьшение оклада выгоды больше", а не зарплаты? Потому как получается что-то не то.
Я работаю на пр-ве, где всю жизнь изначально была повременно-премиальная с-ма. Тут есть маааааленький нюанс: оклад можно жестко привязать колдоговором к МРОТ, а премию - нет. Премию частенько снижают в зависимости от результатов работы организации или просто потому что начальнику кто-то не понравился, а с окладом это невозможно сделать.
Мы потихоньку приходим к повременной оплате: оклады повышаем, прописывая сетку в колдоговоре, а работодатель при этом устанавливает размер премии ниже и ниже. Сейчас она всего 18%, а когда-то была 60%! В целом работники при этом всегда выигрывают.
Иными словами, ваш "паскостный" на самом деле просто дальновидный.

Ждать 2 месяца и увольнять по п. 7 ст. 77 Тк РФ.

Уволить всех, кто согласился с повремённо-премиальной оплатой, потому как эта форма для тунеядцев (работник спит - зарплата капает).

Все изменения в трудовой договор могут вноситься по согласию сторон. Если работник не согласе, то это означает - он не согласен, Вы должны его предупредить за два месяца.