по трудовому договору: рабочая неделя 40часов основное время работы с 9.00 до 16.00 Это не нормированная работа?

всё должно быть ЯВНО прописано в трудовом договоре.
у вас получается рабочий день 7 часов. за 5 рабочих дней с понедельника по пятницу получается только 35 часов. где ещё 5? может, вы работаете в субботу?
если нет, то это может быть так называемый гибкий график, т. е. есть основное время, а есть у каждого возможность приходить раньше или уходить позже, но чтобы в неделю получалось 40 часов.
НО: о гибком графике должно быть ВАШЕ заявление и приказ директора, либо это должно быть явно прописано в трудовом договоре или в Правилах Внутреннего Трудового Распорядка (ст. 189-190 ТК РФ) , за которые вы расписывались при приёме на работу.

С арифметикой что-то не то :) Или у вас 6-дневка?

при таком режиме даже 40 часов не набирается - неполный рабочий день
ненормированный - когда вы задерживаетесь после работы и это нормальная практика компании

Это неполный рабочий день

В соответствии со ст. 101 Трудового кодекса РФ ненормированный рабочий день – особый режим работы, в соответствии с которым отдельные работники могут по распоряжению работодателя при необходимости эпизодически привлекаться к выполнению своих трудовых функций за пределами установленной для них продолжительности рабочего времени.
Работник может привлекаться к выполнению своих трудовых функций, как до начала рабочего дня (смены) , так и после окончания рабочего дня (смены) . Такая практика не должна носить систематического характера, а происходить время от времени и в определенных случаях. Подробнее в разъяснениях в письме Федеральной службы по труду и занятости http://www.eg-online.ru/upload/id_news/rt1316_6_1.doc