Как можно жестоко наказать директора (правовыми методами) за нарушение трудового законодательства?

Напиши заявления в прокуратуру и трудовую инспекцию.
Мало ему не покажется.

Вы глубоко ошибаетесь. Именно Вы давали согласие когда подписывали трудовой договор, при этом изначально знали. что зарплата будет в конвертах. И Вас устраивает зарплата в конвертах, Вас ведь не устраивает только система штрафов. Так что извините за грубость, "нечего на зеркало пенять, коли, ну сами знаете что" Ваши стенания что вас заставила жизнь пойти работать на таких условиях оставьте для кого нибудь другого.

есть такой орган Трудовая комиссия (узнайте телефон по справочной) - придут и накажут с удовольствием!))))

Сообщите в органы по охране труда. и объясните им все. а дальше они разберутся

Свое согласие вы дали, подписывая трудовой договор с окладом, не соответствующим действительности. Собираясь наказывать работодателя, не забывайте, что у него есть ведомости о получении вами части з/п в конвертах (как вы выразились) , с которой вы врядли по своему желанию и согласию САМОСТОЯТЕЛЬНО платили подоходный налог 13% в налоговую инспекцию, как честный гражданин РФ, разумеется.

Взгляните на жизнь реальнее. Ну напишите ну вызовут. Черную кассу они не найдут. Если чеки не пробивают на работе то по телефону доверия сообщите в налоговую они сделают закупку. Там штраф если юр. лицо больше 30 000 руб. Если Вы не расписывались в ведомости о получении з/п то можно взыскать через суд.

Пожаловаться на фирму в налоговую