Как уволится генеральному директору в таких обстоятельствах???

C astrolog(ом) соглашусь в том, то заявление на УСЖ надо подавать учредителям ООО или совету директоров, если ОАО, и что назначить нового "гену" - это проблемы учредителей.
Не соглашусь по срокам. Заявление на УСЖ гена подает за МЕСЯЦ . Ст. 280 - Руководитель организации имеет право ДОСРОЧНО расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя (собственника имущества организации, его представителя) в письменной форме не позднее чем за ОДИН месяц.
Если Вы не желали уволиться до истечения срока полномочий, трудовой договор после истечения срока избрания на должность становится бессрочным (правильно сказать - на неопределенный срок, ст. 58), ведь согласно устава вашей организации гена избирается на 3 года, и, по всей видимости, собрание учредителей вас избирало на 3 года. Поэтому не ясно, почему Вы через 3 года перестали выполнять свои должностные обязанности (ведь учредители не совершали телодвижений по поводу Вашего переизбрания или увольнения) . Вам вполне светит увольнение за прогул.
Чтобы разобраться в ситуевине, отпишитесь на любой форум юристов. А в реале ищите юриста, который будет представлять Ваши интересы в суде.

срок вашей работы прошёл.
1)пошлите им письмо (заказное с уведомлением) об увольнении по собственному желанию
2)через 2 недели - свободны (ст. 80 ТК РФ) , можете сделать себе запись в трудовую книжку, в качестве основания указать какой-то номер приказа.
3)назначать другого директора - это их проблемы