Какие штрафы ждут предприятие если гражданско правовой договор в суде будет признан фактически трудовым

Организацию могут оштрафовать на основании ст. 5.27 КоАП РФ за подмену трудового договора договором подряда (минимальный штраф составит 5000 руб.) . Кроме того, организации придется еще выплатить работнику некоторые суммы (например, компенсацию за отпуск) , а также перечислить недоплаченные налоги (ЕСН, НДФЛ, взносы в ПФР).

в силу положений статьи 67 ТК РФ: трудовой договор, не оформленный в письменной форме, считается заключенным, если работник приступил к работе с ведома или по поручению работодателя; при допущении работника к работе работодатель обязан оформить с ним трудовой договор в письменной форме не позднее трех рабочих дней. .
таким образом, в случае "если гражданско правовой договор в суде будет признан фактически трудовым" имеет место нарушение работодателем названных положений, что влечет ответственность предусмотренную статьёй 5.27 КоАП РФ..

Признание договора, который был заключен как гражданско-правовой, трудовым договором само по себе не влечет наложение штрафа на предприятие или на должностных лиц предприятия. Вот если в процессе исполнения такого договора были допущены нарушения трудового законодательства (например, работнику не предоставлялся отпуск, к работнику применялись не предусмотренные трудовым законодательством меры дисциплинарного воздействия и т. д.) , то тогда работник имеет право обратится в федеральную инспекцию труда, которая имеет право наложить на организацию-работодателя и его должностных лиц вызскание, предусморенное ст. 5.27 КоАП http://www.consultant.ru/popular/koap/13_6.html#p758