Как быть? Работает человек инженером по ОТ на него нужно издать приказ о мат. отв. по производственной базе (зав. базой)

Если численность работников в организации больше 50 человек, инженер по ОТ НЕ МОЖЕТ быть зав. базой. Совмещать охрану труда может только с промбезопасностью, да и то не всегда. И вся материальная ответственность только до первого несчастного случая или визита трудинспекции. Это требование ТК, что спец. по ОТ должен быть освобожденный.

Для начала нужно офорить совместительство по должности зав. базой.

Инженер по охране труда и зав. базой несовместимы.

В данном случае речь идет об индивидуальной материальной ответсвенности работника.
Индивидуальная материальная ответственность работника может наступить в случае, если с ним будет заключен договор о полной индивидуальной материальной ответственности. Такой письменный договор о полной индивидуальной материальной ответственности, т. е. о возмещении работодателю причиненного ущерба в полном размере за недостачу вверенного работникам имущества, может заключаться в соответствии со ст. 244 ТК РФ с работниками, достигшими возраста восемнадцати лет и непосредственно обслуживающими или использующими денежные, товарные ценности или иное имущество.
Перечни работ и категорий работников, с которыми могут заключаться указанные договоры, а также типовые формы этих договоров утверждаются в порядке, устанавливаемом Правительством РФ. Сейчас в данной области действует постановление Минтруда РФ от 31 декабря 2002 г. N 85 "Об утверждении перечней должностей и работ, замещаемых или выполняемых работниками, с которыми работодатель может заключать письменные договоры о полной индивидуальной или коллективной (бригадной) материальной ответственности, а также типовые формы договоров о полной материальной ответственности".
При заключении договоров о коллективной (бригадной) ответственности возможно издание приказа в организационных целях, в Вашем же случае вряд ли найдутся такие цели, поэтому издание приказа ради самого приказа (лишь бы был) нецелесообразно.
Нужно заключить вышеуказанный договор.

инженер по ОТ не входит в перечень должностей, с которыми заключается договор о мат ответственности
Т. е. даже если заключите такой договор, то юридической силы он иметь не будет