Если я как ИП нанимаю на условиях вторичной занятости по гражданско-правовому договору водителя, то

Такого понятия, как "вторичная занятость" трудовое законодательство не содержит. Есть понятие "работа на условиях совместительства", т. е. неполное рабчее время.
Вы говорите, что нанимаете "по гражданско-правовому договору"? Гражданско-правовые договора вообще не регулируются трудовым законодательством, а частью II Гражданского кодекса РФ (это могут быть- договор подряда, возмездного оказания услуг, поручения, комиссии, аренды и т. п.) .
Отграничить трудовой договор от гражданско-правового необходимо - Если Вы нанимаете водителя на условиях работы, предполагающей регулярное выполнение одних и тех же обязанностей с подчинением Правилам трудового распорядка: время начала и окончания работы, выплата зарплаты ежемесячно, выполнение в течение дня заданий работодателя - то это трудовые отношения. Зарплата должна быть не ниже МРОТ (в наст. время 4330 руб. / месяц) + работодатель обязан производить начисление и уплату страховых взносов на обязательное пенсионное, медицинское и социальное страхование (Закон 212-ФЗ от 24.07.2009).
Если же какое-то разовое поручение на доставку груза, например, то это гражданско-правовой договор. Размер вознаграждения в этом случае определяется соглашением сторон: хоть 1 руб. , хоть 100000000 руб.
Взносы на социальное страхование в этом случе платить не нужно - только на пенсионное и медицинское.

не ниже МРОТ

Минималка пять тыс руб с копейками. И никуда никаких отчислений. Если указываете в договоре месяц работы и неограниченное количество поездок. Если договор поставлен с почасовой оплатой или указанием километража, можно и меньше минимального оклада. С почасовой или оплатой за каждые сто км, например.