Вторую половину отпуска оплатили меньше, объясняя коротким интервалом между отпусками. На сколько это правомочно?

обманули. всё оплачивается одинаково (ст. 139 ТК РФ) .

жалобу в гос. инспекцию труда (заказное письмо)

Статья 139 ТК РФ. Исчисление средней заработной платы
Для расчета средней заработной платы учитываются все предусмотренные системой оплаты труда виды выплат, применяемые у соответствующего работодателя независимо от источников этих выплат.
Средний дневной заработок для оплаты отпусков и выплаты компенсации за неиспользованные отпуска исчисляется за последние 12 календарных месяцев путем деления суммы начисленной заработной платы на 12 и на 29,4 (среднемесячное число календарных дней) .
Постановление Правительства РФ от 24.12.2007 N 922
"Об особенностях порядка исчисления средней заработной платы"
5. При исчислении среднего заработка из расчетного периода исключается время, а также начисленные за это время суммы, если:
а) за работником сохранялся средний заработок в соответствии с законодательством Российской Федерации, за исключением перерывов для кормления ребенка, предусмотренных трудовым законодательством Российской Федерации;
б) работник получал пособие по временной нетрудоспособности или пособие по беременности и родам;
в) работник не работал в связи с простоем по вине работодателя или по причинам, не зависящим от работодателя и работника;
г) работник не участвовал в забастовке, но в связи с этой забастовкой не имел возможности выполнять свою работу;
д) работнику предоставлялись дополнительные оплачиваемые выходные дни для ухода за детьми-инвалидами и инвалидами с детства;
е) работник в других случаях освобождался от работы с полным или частичным сохранением заработной платы или без оплаты в соответствии с законодательством Российской Федерации.
Статья 114 ТК РФ. Ежегодные оплачиваемые отпуска
Работникам предоставляются ежегодные отпуска с сохранением места работы (должности) и среднего заработка.
Влияют отпуска

Оплачивается всё в зависимости от среднего заработка за 12 месяцев, интервал ни на что не влияет.

Скорее вопрос о правомерности, а не о правомочности. Нет, это не правильно и смотреть надо не в ТК РФ, а в Инструкции бухгалтерским работником о порядке начисления отпускных работникам при использовании отпуска по частям.

я регулярно начисляю отпускные и поглядываю на разницу. Да, возможна разница в сумме за 14 кд первый раз и второй. Это зависит от выбранного заработка за 12 мес. в певый раз и за 12 мес. предшествующих второму отпуску. Но! разница эта не так ужасна. Может у них счетная ошибка?