Какая разница для сотрудника сокращение или ликвидация учреждения

большая.. . так как он может попасть под сокращение

Да какая разница? Все-равно пинка под зад...

Никакой. И в том и в другом случае выплачивается выходное пособие.
В день увольнения, который является и последним днем работы, работодатель обязан произвести с работником окончательный расчет (ч. 4 ст. 84.1 ТК РФ) . Заработная плата и иные денежные суммы, причитающиеся работнику, которые не были выплачены работодателем до этого момента, выплачиваются в день увольнения.
При увольнении работника в связи с сокращением численности или штата работников организации и при ликвидации организации ему выплачивается выходное пособие в размере среднего месячного заработка (ст. 178 ТК РФ) . За работником также сохраняется средний месячный заработок на период трудоустройства, но не свыше двух месяцев со дня увольнения (с зачетом выходного пособия) . Средний месячный заработок может также сохраняться и в течение третьего месяца, но только по решению службы занятости населения при условии, что работник в двухнедельный срок после увольнения обратился в эту службу, но не был трудоустроен.
Если у вас стоит выбор с формулировкой основания для увольнения, то, конечно, для трудоустройства к другому работодателю благозвучней " в связи с ликвиданией организации",чем " в связи с сокращением штата сотрудников".

во втором случае невозможно восстановиться на работе..

сокращение штатов-это сокращение отдельных должностей,
сокращение численности-это сокращение отдельных личностей,
ликвидация учреждения-сокращение всех и учреждение прекращает свою деятельность. Понятно?!

Во втором случае не так обидно