У нас сменный график. Пришел новый работник на вакантную должность .Стажировался 3 дня не в нашу смену, должы ли нам

Наколько возможно понять из вопроса:
1 в смене есть вакантная должность;
2 работник, принятый на вакантную должность стажировапся 3 дня в другой смене. Оплатить или нет все дни пока он не вышел по графику зависит от работников смены, которые выполняли обязанности по вакантной должности. У них всего три месяца, начиная с 1-го дня вакантной должности, чтобы договориться с работодателем. Если не удастся договориться, то в суде будут ждать только три месяца, если доплату получить очень захочется.
Основание для доплаты работникам:
1 В соответствии со статьёй 151 Трудового кодекса РФ "при ...исполнении обязанностей временно отсутствующего работника без освобождения от работы, определенной трудовым договором, работнику производится доплата. Размер доплаты устанавливается по соглашению сторон трудового договора с учетом содержания и (или) объема дополнительной работы (статья 60.2 настоящего Кодекса) .
2 В соответствии со статьёй 60.2 Трудового кодекса РФ "с письменного согласия работника ему может быть поручено выполнение в течение установленной продолжительности рабочего дня (смены) наряду с работой, определенной трудовым договором, дополнительной работы по другой или такой же профессии (должности) за дополнительную оплату (статья 151 настоящего Кодекса) .
Поручаемая работнику дополнительная работа по другой профессии (должности) может осуществляться путем совмещения профессий (должностей) . Поручаемая работнику дополнительная работа по такой же профессии (должности) может осуществляться путем расширения зон обслуживания, увеличения объема работ. Для исполнения обязанностей временно отсутствующего работника без освобождения от работы, определенной трудовым договором, работнику может быть поручена дополнительная работа как по другой, так и по такой же профессии (должности) .
Срок, в течение которого работник будет выполнять дополнительную работу, ее содержание и объем устанавливаются работодателем с письменного согласия работника.
Работник имеет право досрочно отказаться от выполнения дополнительной работы, а работодатель - досрочно отменить поручение о ее выполнении, предупредив об этом другую сторону в письменной форме не позднее чем за три рабочих дня.