Должен ли быть приказ о взыскании штрафа на работе, при наличии бонусной системы начисления зарплаты?

Уважаемая, Маша.
Отношения между работником и работодателем регулируются трудовым законодательством РФ, которое не предусматривает такого понятия как штраф. Система оплаты труда в Вашей организации регулируется такими нормативными актами как "Положение об оплате труда", "Положение о премировании" и т. п. Кроме того, внимательно прочтите Ваш трудовой договор, в нём так же должен быть отражён вопрос, касающийся оплаты труда.
В вышеуказанных документах должно быть указано какие начисления и за что производятся, а так же условия, при которых работнику начисляются дополнительные выплаты и условия лишения его этих дополнительных выплат, оговаривается порядок исполнения. При этом, любое упоминание слова "штраф" влечёт за собою недействительность нормативного акта в этой части, а-то и вовсе - в целом. Словом, должен быть приказ или нет - прописывается нормативных документах Вашей организации. (не путать с приказом о дисциплинарном взыскании -
Ст. 192 и 193 ТК РФ http://tk.jobin.ru/560/articles.html
Кроме того, рекомендую Вам изучить свою должностную инструкцию - может оказаться, что тот "поступок", за который Вас признали виновной вовсе не входит в Ваши обязанности, а, соответственно, и каких-либо лишений премии (бонусов) в этом случае быть не может.
Если речь действительно идёт о штрафе - смело обращайтесь в суд, вооружившись тому доказательствами, либо в инспекцию по труду. В случае подтверждения подобного нарушения законодательства, Вашего работодателя самого ждёт штраф согласно Ст. 5.27 КоАП РФ http://www.adminkodeks.ru/kodeks/codecs/5196.html