Здравствуйте. Должны ли мне оплачивать сессию?

Работодатель не прав. В силу действия норм ст. 173 ТК РФ на работодателя возложена обязанность по предоставлению определенных гарантий и компенсаций работникам, совмещающим работу с обучением в образовательных учреждениях высшего профессионального образования. При этом для предоставления гарантий и компенсаций, в частности предоставления оплачиваемых учебных отпусков, должны быть соблюдены определенные условия.
Так, образовательные учреждения высшего профессионального образования должны иметь государственную аккредитацию, работники должны успешно обучаться в этих учреждениях.
Помимо этого следует учитывать, что согласно норме ст. 177 ТК РФ гарантии и компенсации работникам, совмещающим работу с обучением, предоставляются при получении образования соответствующего уровня впервые.
Так называемые учебные отпуска работникам, заочно обучающимся в вузах, работодатель должен предоставить на основании справки-вызова, выданной учебным заведением.
Форма такой справки утверждена Приказом Минобразования России от 13.05.2003 N 2057. Данный вид документа должен быть подписан ректором вуза или лицом, наделенным такими полномочиями ректором, и заверен печатью.

Должны
Предъявляется справка -вызов, составляется приказ об учебном отпуске, а бухгалтерия оплачивает его по среднему ...

Оплата там мизерная - вроде 50% оклада.

если вы получаете первое высшее образование, то работодатель обязан вам предоставить учебный отпуск на основании справки-вызова из ВУЗа и оплатить его в соответствии с действующим законодательством.
P.S. а что у вас должно быть (по словам вашего руководства) - справка о том, что вы прошли курс обучения? пусть почитают они ТК РФ.

Если ПЕРВОЕ ВЫСШЕЕ - работодатель обязан оформить дополнительный оплачиваемый ученический отпуск согласно справке-вызову и оплатить этот ученический отпуск после того, как вы предоставите справку-подтверждение об учебе.