Правомерно ли муниципальный служащий работает в по договору подряда в своей же организации?

Если имеет место совпадение должностных обязанностей и выполняемых работ по договору, то Ваш гражданский долг гражданина Российской Федерации настучать об этом Следственный комитет. Статьи УК РФ смотрите ниже:

УГОЛОВНЫЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Статья 159. Мошенничество
1. Мошенничество, то есть хищение чужого имущества или приобретение права на чужое имущество путем обмана или злоупотребления доверием, -
наказывается штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до трехсот шестидесяти часов, либо исправительными работами на срок до одного года, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до четырех месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет.
2. Мошенничество, совершенное группой лиц по предварительному сговору, а равно с причинением значительного ущерба гражданину, -
наказывается штрафом в размере до трехсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до двух лет, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до пяти лет с ограничением свободы на срок до одного года или без такового, либо лишением свободы на срок до пяти лет с ограничением свободы на срок до одного года или без такового.
3. Мошенничество, совершенное лицом с использованием своего служебного положения, а равно в крупном размере, -
наказывается штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет, либо принудительными работами на срок до пяти лет с ограничением свободы на срок до двух лет или без такового, либо лишением свободы на срок до шести лет со штрафом в размере до десяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного месяца либо без такового и с ограничением свободы на срок до полутора лет либо без такового.
4. Мошенничество, совершенное организованной группой либо в особо крупном размере, -
наказывается лишением свободы на срок до десяти лет со штрафом в размере до одного миллиона рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до трех лет либо без такового и с ограничением свободы на срок до двух лет либо без такового.

Глава 30. ПРЕСТУПЛЕНИЯ ПРОТИВ ГОСУДАРСТВЕННОЙ ВЛАСТИ,
ИНТЕРЕСОВ ГОСУДАРСТВЕННОЙ СЛУЖБЫ И СЛУЖБЫ В ОРГАНАХ
МЕСТНОГО САМОУПРАВЛЕНИЯ
Статья 285. Злоупотребление должностными полномочиями

1. Использование должностным лицом своих служебных полномочий вопреки интересам службы, если это деяние совершено из корыстной или иной личной заинтересованности и повлекло существенное нарушение прав и законных интересов граждан или организаций либо охраняемых законом интересов общества или государства, -
наказывается штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до пяти лет, либо принудительными работами на срок до четырех лет, либо арестом на срок от четырех до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до четырех лет.

Ну и так далее. С конкретными статьями УК в Следственном комитете сами разберутся.