Если командировка в другой город на несколько недель, попадающие выходные считаются рабочими днями или выходными?

Суточные начисляются в календарных днях. Выходной в командирлвке рабочим не считается. А вот при выезде в выходной или при возвращении есть повод поторговаться с работодателем! Во все времена за это давали отгулы.

Выходной он и в командировке выходной! Выходные из фонда оплаты труда не оплачиваются. Вам только идут суточные и оплата проживания. Но если работодатель хочет вас заставить работать именно в выходные, то обязательно это нужно оформлять приказом как привлечение к работе в выходной с согласия работника и с соответствующей оплатой.
Основание: Постановление Правительства Российской Федерации от 13 октября 2008 г. N 749 «Положение об особенностях направления работников в служебные командировки»
Может быть то, что Вы говорите и справедливо, но на практике это не используется.

И еще: Министерство труда и социальной защиты Российской Федерации Письмо от 14 февраля 2013 года № 14-2-291 «Об особенностях направления работников в служебные командировки»
« 2. По вопросу учета рабочего времени отмечаем, что дни командировки (включая выходные) отмечаются в Табеле учета рабочего времени организации (формы № Т-12 и № Т-13, утвержденные Постановлением № 1).
Дни отсутствия работника на рабочем месте по причине командировки обозначаются кодом "К" ("06" – служебная командировка), при этом количество отработанных часов не проставляется.
Если работник в командировке привлекался к работе в выходной для него по основному месту работы день, то такой день в табеле учета рабочего времени нужно дополнительно отразить буквенным кодом "РВ" или цифровым кодом "03". Указывать количество часов, отработанных в такой день, нужно, если работодатель давал ему указание о продолжительности работы в выходной день.»

Так что работа в выходной день должна быть обозначена в табеле учета рабочего времени! Только тогда она будет оплачена. А это делается опять же именно по особому приказу Вашего руководителя!

выходные это выходные, но там особенность что средний заработок исчисляется только за отработанное время

Выходные считаются выходными, Вы ведь не работаете. А вот суточные платят за все дни, проведённые в командировке, в том числе и выходные.

Вся командировка считается рабочей, и как правило (беру в расчет предприятия про которые знаю точно) на командировку рассчитана своя оплата