имеет ли право работадатель

да имеет если это прописано в договоре о трудоустройстве... есть такой пунктик там ...называется МАТЕРИАЛЬНАЯ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ

Имеет, но при выполнении существенных условий.
Во-первых, с Вами должен быть заключен договор материальной ответственности. Либо такое условие должно быть установлено в трудовом договоре.
Во-вторых, Вы должны при этом относится к той группе должностей, которая непосредственно имеет дело с деньгами или товарами (другими ценностями).
В-третьих, Вы должны быть виновным в недостаче. По закону это означает, что:
- эти самые продукты, недостачу которых на Вас вешают, были Вам переданы непосредственно каким-то документом, на котором есть Ваша подпись;
- Ваша работа связана с использованием, перевозкой или хранением продуктов;
- имеется вина (прямая или косвенная) в их недостаче.
В числе всего прочего это еще значит, что Вы должны были участвовать в инвентаризации (поставить подпись под актом), факт недостачи должен был расследоваться (комиссия, объяснительная с Вас и тому подобное).
Взыскание недостачи зависит и от того, какой вид ответственности предусмотрен договором. Так, если ответственность полная, то взыскивать имеют право полную стоимость продуктов, а если ограниченная - то не больше среднего заработка. Причем в любом варианте с каждой зарплаты имеют право удерживать не больше 20 %.

А теперь по поводу вопроса, заданного в комментарии.
Нет, такое удержание полностью незаконно. Сумма, которую "учреждение должно было (кому должно и с чего бы это?!) за месяц" - это возможный доход работодателя. Взыскивать с работников упущенную выгоду или неполученные доходы работодатель не имеет права, даже в том случае, если работник прямо виноват.
Запрет на взыскание неполученного дохода содержится в статье 238 Трудового кодекса

в магазинах то высчитывают недостачу)

Если вы материально ответственное лицо, то по распоряжению может, но там достаточно тонкостей, поэтому лучше разбирать конкретный случай зная все обстоятельства.