Может компания лишить зар. платы сотрудника за опоздание на 2 мин.? Оформление по труд договору,..

А первое опоздание запротоколировали? создали комиссию, оформили протокол, подписали? было такое? Я думаю, что нет. Она гонит.
А за задержку зарплаты штрафы предусмотрены.
Ты намекни на то, что планируешь пойти проконсультироваться в трудовую инспекцию.
И перестань опаздывать!

Внимательно прочитайте вашу копию трудового договора. Если там есть пункт о лишении зарплаты или штрафа за нарушение трудовой дисциплины, то надо у юриста выяснять правомочность такого пункта согласно ТК РФ.
Скорее всего от Вас просто хотят избавиться, такое завуалированное сокращение кадров.

Трудовой кодекс РФ
Статья 192. Дисциплинарные взыскания
За совершение дисциплинарного проступка, то есть неисполнение или ненадлежащее исполнение работником по его вине возложенных на него трудовых обязанностей, работодатель имеет право применить следующие дисциплинарные взыскания:
1) замечание;
2) выговор;
3) увольнение по соответствующим основаниям.
Федеральными законами, уставами и положениями о дисциплине (часть пятая статьи 189 настоящего Кодекса) для отдельных категорий работников могут быть предусмотрены также и другие дисциплинарные взыскания.
К дисциплинарным взысканиям, в частности, относится увольнение работника по основаниям, предусмотренным пунктами 5, 6, 9 или 10 части первой статьи 81, пунктом 1 статьи 336 или статьей 348.11 настоящего Кодекса, а также пунктом 7, 7.1 или 8 части первой статьи 81 настоящего Кодекса в случаях, когда виновные действия, дающие основания для утраты доверия, либо соответственно аморальный проступок совершены работником по месту работы и в связи с исполнением им трудовых обязанностей.

Не допускается применение дисциплинарных взысканий, не предусмотренных федеральными законами, уставами и положениями о дисциплине.

При наложении дисциплинарного взыскания должны учитываться тяжесть совершенного проступка и обстоятельства, при которых он был совершен.

Лишить зарплаты не может (если зарплата полностью официальная, что вряд ли). Из неофициальной запросто вычтут.
В трудовую книжку можно занести только увольнение. Что бы уволить за опоздание, которое произошло второй раз, нужно что бы за первое опоздание вы были привлечены к дисциплинарной ответственности в порядке, установленном ТК РФ