хочу уволиться с основной работы, но работаю в другом отделе по внутреннему совместительству

Если работник работал в организации по основному месту работы и внутреннему совместительству, и уволился с основного места работы, то
1. работодатель не обязан переводить работника с внутреннего совместительства на основное место (Это можно сделать только по желанию самого работника - о чем в письменной форме он должен известить работодателя).
2.Трудовое законодательство РФ не содержит норм, запрещающих работнику работать по совместительству при отсутствии основного места работы.
Так, что если с основного места работы Вас "отпускают"- увольняйтесь, а по совместительству требуют "отработать", то нужно уволиться по истечении срока двухнедельного уведомления. При увольнении с основного места работы Вам должны сделать расчет и отдать трудовую книжку, несмотря на то что Вы будете продолжать работать в организации по совместительству.
P/S Порядок увольнения с работы по совместительству ничем не отличается от общего порядка, закрепленного в ст. 84.1 ТК РФ. Отличие лишь во внесении записи в трудовую книжку о работе по совместительству - она производится по желанию работника (п. 20 Правил ведения и хранения трудовых книжек, изготовления бланков трудовой книжки и обеспечения ими работодателей, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 16.04.2003 N 225 "О трудовых книжках").

А не хотите чтобы работа по совместительству стала основной?

Работа по совместительству - это работа по другому трудовому договору. И если Вы желаете расторгнуть этот договор, то обязаны действовать в соответствии со статьей 80 ТК РФ, то есть предупредить работодателя за 2 недели. И если от Вас требуют выполнения Ваших же обязанностей, то их следует исполнять. Но не начальнику отдела это решать, т. к. трудовой договор Вы заключали не с ним, а с работодателем. И заявление на расторжение трудового договора работник подает на имя работодателя.

Нет понятия отработки, Вы просто обязаны предупредить за две недели о том, что расторгается трудовой договор.