В какую прокуратуру нужно подавать заявление?

По месту расположения работодателя, и кстати мысль удачная, формально Вы должны обращаться в суд, но практика последнего времени в Москве показывает, что обращение в прокуратуру дает эффект быстрее. Удачи.

Ту прокуратуру, юрисдикция которой распространяется на территорию работодателя. Т. е. по месту его нахождения.

При че тут прокуратура? Время истратите только, в госинспекцию по труду надо обращаться или в суд!

мировому судье по адресу компании

Безусловно - по юридуческому адресу компании. Ни "формально", ни каким бы то ни было иным образом Вы не обязаны обращаться именно в суд. Обоснованность и полнота предоставленных в прокуратуру материалов той-же прокуратуре дают возможность выйти с представлением в ...куда Вы укажете / попросите/.

Я думаю, что быстрее будет по месту расположения работодателя.

Не в прокуратуру, а насколько мне известно мировому судье, либо твоего судебного участка, либо по адресу организации, а прокуратура, скорее всего тебя отфутболит. хоть по закону и права не имеет. тут от ситуации очень много зависет

да в межрайонную

В трудовую комиссию при администрации города или чего там. Работодатели не очень любят это заведение.

Вообще, пойдите в любую и Вам разъяснят куда идти. Лучше подготовить заявление (2 экз.) , поставить входящую отметку и все пойдет намного быстрее. Отказать в приеме заявления Вам не могут по закону. Удачи!