ЧТО БУДЕТ ЗА РАННИЙ УХОД С РАБОТЫ

Уволить работника можно за неоднократное неисполнения работником без уважительных причин трудовых обязанностей (так это называется), если он имеет дисциплинарное взыскание. Но если у работника дисциплинарных взысканий (документально оформленных выговоров и замечаний) не было, то и уволить его за 2 ранних ухода нельзя. Но могут объявить дисциплинарное взыскание (выговор) за ранний уход с работы.

Чтобы до этого не доводить - можно выждать месяц со дня последнего "раннего ухода" - это если профсоюза в организации нету, а если есть, то месяц + (по моему) неделя, и всё - срок давности выйдет и дисциплинарное взыскание за такой проступок не будет законным (можно считать, что "косяка" и не было).
Срок исковой давности по спором о невыплате или неполной выплате заработной платы составляет год.

Т. е. можешь выждать месяцок, больше не косячить, а потом обратиться в ГИТ за возвратом удержанной суммы.

Нет, все сроки для фиксации прошли, он должен был зафиксировать нарушение и взять объяснительную, объяснительную должен был взять в два дня с момента фиксации

Может. Увольнение за прогул никак не связан с видом зарплаты. Если "ранний уход" был более чем за 4 часа до окончания рабочей смены, то можете быть уволены за прогул.

Не смею согласиться с Бестией. Если уже было два нарушения, и они зафиксированы как надо, то это будет уже систематическое нарушение ПВТР - а это тоже увольнение, но по другому пункту.
Что мешает не раздражать нервного работодателя, а направить все электронно - через госуслуги, например?