Чел. проработал официально 6 мес, сейчас в уч. отпуске (сессия). В каком случае организация может не оплачивать уч. отпуск?

в случае если у работника уже есть одно образование этого уровня и в случае, если учебное заведение не имеет гос. аккредитации.

А работник предоставил все необходимые документы для оформления УО?
Для оформления УО необходимо написать заявление на его предоставление, приложив к нему справку-вызов и копию госс. акредитации ВУЗа. Естественно зарегистрировав его в установленном порядке, желательно копию с отметкой оставить себе.
Если все это сделано, то отказ работодателя не правомерен.
Должен быть оформлен приказ на УО и выплачены отпускные в общем порядке.
Если работодатель не знаком, то ознакомьте его с статьей 173 ТК РФ.
Работникам, направленным на обучение работодателем или поступившим самостоятельно на обучение по имеющим государственную аккредитацию программам бакалавриата, программам специалитета или программам магистратуры по заочной и очно-заочной формам обучения и успешно осваивающим эти программы, работодатель предоставляет дополнительные отпуска с сохранением среднего заработка для:
прохождения промежуточной аттестации на первом и втором курсах соответственно - по 40 календарных дней, на каждом из последующих курсов соответственно - по 50 календарных дней (при освоении образовательных программ высшего образования в сокращенные сроки на втором курсе - 50 календарных дней);
прохождения государственной итоговой аттестации - до четырех месяцев в соответствии с учебным планом осваиваемой работником образовательной программы высшего образования;
....

Так что не советую спешить в ГИТ, возможно Вы просто не оформили всё надлежащим образом!!!

А этот чел, ознакомлен с приказом о предоставлении ДОПОЛНИТЕЛЬНОГО отпуска?
Он уверен, что он не в прогулах?
Не в отпуске без сохранения зарплаты?

Если ознакомлен, то жалобу в трудовую инспекцию. Для начала.