В чем отличие оформление на работу по трудовой книжке от оформления по трудовому договору?

В книжке отмечают где и сколько времени человек проработал, а договор как бы есть, а толку нет....

Это одно и то же. Заключение трудового договора сопровождается записью в трудовой книжке.
А вот заключение договора гражданско-правового характера, например - договор подряда, договор на оказание услуг, агентский договор, договор поручения - не предусматривают выполнения трудовой функции, а только конкретного объема работ. Никаких отпусков, больничных, никаких правил внутреннего трудового распорядка, выговоров, увольнений по статье, трудового стажа и проч. Только - может быть неоплата из-за неисполнения условий договора, взыскание убытков. Если решили заключать такой договор - не забудьте каждый этап закрывать актами сдачи-приемки выполненных работ. На основании которых будет производиться оплата.
Если трудовой договор - актов не надо.

ни в чем.

Трудовой кодекс предусматривает три случая заключения трудового договора без записи в трудовую книжку: оформление совместительства, дистанционная занятость;
работодатель является физическим лицом. Во всех остальных случаях необходимо внесение записи в трудовую книжку.

это одно и тоже. В Трудовую книжку заносятся все трудовые договора

По трудовой тебя берут бессрочно, пока сам не уволишься или не выгонят.
По договору ты будешь работать до окончания срока договора, он обычно указывается в где то в тексте.
Даже приняв на работу по трудовой книжке с тобой заключат договор с последующей пролонгацией.

Заключение трудового договора и предполагает ведение трудовой книжки. По факту это одно и то же.