Есть ли какая-либо ответственность по договору гпх, если сотрудник уже не числится в организации?

Если нанесение ущерба можно подтвердить документально, то общий срок исковой давности составляет три года. Можно.

Вы в своём уме? Какой сотрудник в случае с договором ГПХ? Самому сложно понять, что по договору ГПХ есть два различных лица, заказчик и исполнитель, каждый из которых несет обязанности установленные этим договором, и в случае если одна сторона причинила убытки, вторая может взыскать их, обратившись в суд в течении трёх лет с момента их возникновения. Договор ГПХ не может быть расторгнут Актом, как любой договор он может быть расторгнут по соглашению сторон или по решению суда. А потому итог, по договору ГПХ - Вы сам себе хозяин, а не сотрудник, и являетесь исполнителем. Каждый результат выполненной Вами работы (оказанной услуги) должен оформляться Актом приема-передачи. Если Вы выполнили работу не качественно или принесли убытки заказчику, то он вправе применить штрафные санкции, если они установлены договором или обратиться в суд. Если не желаете таких последствий, то сами обращайтесь в суд для признания трудовых отношений. Это убережёт Вас от последствий, которые могут образоваться по договору ГПХ, да и уже появиться работодатель, а не заказчик, а работодатель обязан произвести ряд выплат, возникающих в связи с увольнением работника.

Договор был на бухуслуги - значит, бухгалтер изначально хуёвый, раз такие вопросы задаёт.