Имеет ли право работодатель вычитать по 13% с белой части зп, с черной, да еще и с премии (процентов)?

Черная зарплата (ЧЗ) она делается в обход закона (деньги проходят мимо кассы, налогами ни какими не облагаются вообще, отчисления в фонды с нее не делаются и пр).. . Т. е. на ЧЗ рекламодатель очень сильно экономит.
ЧЗ вообще могут не выдать и вы ничего сделать не сможете и ни в каком суде не докажите.

Если у вас есть черный оборот наличности (из которого формируется ЧЗ) можно пригрозить жалобой в УБЭП и вашему работодателю это может выйти дороже.

1)все вопросы решаются в письменной форме
2)пишете ему письмо, заказное с уведомлением, и задаёте свои вопросы.. .
3)он боится последствий и начинает брать налог только с белой зарплаты

!3% удерживается один раз со всей начисленной суммы заработка!!

ну это уж как вы изначально договорились.
вообще тебя проблемы с обналом волновать не должны.
это проблемы твоего шефа.
а он судя по всему просто ох*ел.

К сожалению. 13% - налог на доходы физицеских лиц, так называемый НДФЛ (Или подоходный налог, как его раньше называли)
С черной часли.... ее вообще нет и работодатель ее не платит (не сознается) , т. е. делать с этой частью он может все, что угодно.
Премии... Надо смотреть положение о премировании, но скорее всего, премии по черному, т. е. смотри пункт 2.

снимается только с белой части! премии остаются а про черную :) какие там могут быть проценты если она не учтена и по бумагам нигде не проходит!

Премия, как и зарплата является доходом - следовательно облагается налогом НДФЛ 13% (п. 6ст. 208 Нк РФ) .
А на счет черной зарплаты - работодатель может вообще её вам не выплачивать и ничего ему за это не будет.