Когда в английском употребляется have/has been Ving,когда have seen,а когда had seen?

Надеюсь, Вы не ожидаете, что здесь Вам в форме ответа перескажут пол учебника?

have/has + past participle - это Present Perfect Tense.
Подробности с примерами в ссылке, но важно запомнить, что действие было совершено в прошлом, но в период, который ещё не закончился, например: в этом году, недавно, никогда, сегодня. Всё в этом мире относительно. Об одном и том же событии можно сказать, что оно произошло вчера (тогда употребляется Past Indefinite), а можно сказать, что оно произошло на этой неделе или недавно (тогда употребляется Present Perfect. Это разный вопрос к пониманию времени. Это же время употребляется, когда речь идёт о действии, которое вот-вот закончится, тогда его употребляют со "ещё" .

had + past participle - это Past Perfect Tense.
Самое важное: речь идёт о действии, которое закончилось до другого действия в прошлом. Очень часто упоминается длительный промежуток времени, например "Они жили в этом доме 15 лет прежде, чем продать его": то есть сначала они жили в доме, прошло 15 лет, они продали дом.
They had lived in the house for 15 years before they sold it.
Главное, что оба события в прошлом на тот момент, когда мы говорим о них, но произошли постепенно.

По-моему, для начала нужно запомнить именно эти отличия, а на указанном сайте всё разложено по полочкам с графиками и примерами. Для лучшего понимания времён хорошо бы обзавестись книгой Dubrovin M. I. “Situational Grammar” (многократно изданная в СССР и России) с замечательными иллюстрациями В. Тильмана. Там особое внимание уделено тонкостям в употреблении времён, и как изменяется смысл в зависимости от употреблённого времени.

have/has been Ving Present Perfect Progressive употребляется для обозначения действия которое началось в прошлом и продолжается до сих пор Я читаю эту книгу уже 2 недели. . I have been reading this book for a week ( или с понедельника since Monday) Во временах группы Progressive не употребляются глаголы восприятия и чувств поэтому глагол to see как и все глаголы этой группы ( be, like love, hate know,understand, believeи тд) употребляется в Present Perfect I haven't seen her since Monday. не видел её с понедельника.

had seen- Past Perfect эта временная форма употребляется для обозначения действия, которое произошло до какого то момента в прошлом. Я увидел этот фильм до того как прочитал книгу. Я увидел его раньше- это Past Perfect I had seen the film before I read ( форма глагола to read) the book
We arrived at the cinema at 8.00but the film had started at 7.30 Мы приехали в кинотеатр в 8 . а фильм начался в 7.30 had started- Past Perfect

1)Present Perfect:
he,she,it-has;we,you,they,I-have.

Слова-индикаторы:
already-уже
yet-ещё
just-только что.

Например:
Она уже прочитала эту книгу. -She has already read this book.
Они только что пришли со школы. -They have just come from the school.
Утверждение: s+have or has IIIк. или оклнчание ed...
Отрицание: s+IIIк. или кончание ed + not...
Вопрос: Have or has +IIIк. или окончание ed.

2)Past Perfect:всё тоже самое только кроме have,has-had.
Часто употребляется в Inderect Speech(тоесть первая часть предложения стоит в Past Simple)
Например:
She said that she HAD already planted the flowers.
They thought that you HAD not come yet.
Ещё употребляется в таких случаях:
Эта девочка пришла до того так этот мальчик ушёл. -This girl HAD come before this boy came away.

Возмем для примера глагол to do.
They have been doing their homework / he has been doing his homework for 3 hours (действие в настоящем уже началось, но еще не закончилось) - Он/они делает (ют) домашнюю работу вот уже 3 часа. Употребление have/has зависит от подлежащего, has употребляется в третьем лице единсвенного числа.
Have seen - они уже это видели и теперь это знают - She was showing them a picture despite of their words that they have already seen it. - она показывала им картину не обращая внимания наих слова о том, что они ее уже видели. (настоящее время)
They had seen - они уже видели когда-то в прошлом, до того момента, о котором идет речь - They came to the exhibition, but they relized that they had alredy seen this picture. - они пришли на выставку и поняли, что они уже видели эту картину (прошедшее время)

Может примеры и топорные, старалась, чтобы было понятно