Does she have time to help me? Почему здесь have, а не has?

Потому, что Does

Глагол "DOES" забирает себе функцию третьего лица. Поэтому нужно применять - "HAVE".

S - ушло во вспомогательный глагол "Does", а "have" = инфинитив без TO

потому что окончание 3 л. ед. ч. принимает на себя вспомогательный глагол do - получается does. а "основной" глагол употребляется уже в инфинитиве (неопределенный форме) - have.

Как образовывается Present Simple Tense

Все просто: для образования утвердительного предложения нужно взять английский глагол без частицы to, либо же добавить к нему окончание –s/es для 3 лица единственного числа, т. е. он, она, оно – he, she, it; и поставить его после субъекта (того, кто исполняет действие).
Смотрите пример:
I drive to work every day. – Я еду на машине на работу каждый день.
He drives to another city every day. – Каждый день он ездит в другой город.
Видите, в первом предложении мы просто взяли глагол (инфинитив без частицы to), а во втором добавили к нему окончание –s, потому что субъект исполнения действия «he – он».

Что касается отрицательных и вопросительных предложений, то здесь появляются глаголы-помощники или вспомогательные глаголы, как их часто называют (auxiliary verbs): do и does + not (если это отрицание).
В вопросительных предложениях мы ставим do или does в начало предложения. Does используется для he, she, it. Для всех остальных – do.
Плюс пропадает окончание –s/es в 3 лице ед. числа.
Например:
Do they go to school at weekends? – Они ходят в школу по выходным?
Do you need a dictionary? – Тебе нужен словарь?
Does he like pizza? – Ему нравится пицца?

Чтобы ответить на вопрос грамматически правильно, запомните: отвечаем так, как спрашивают.
Если вопрос начинался со слова Do you…?, то и отвечайте «Yes, I do.» или «No, I don't» (=do not). Если вопрос начинается с Does he/she/it…? – тоже отвечайте «Yes, he/she/it does.» или «No, he/she/it doesn’t.» (=does not)

Может Потому что does. Если бы не вопрос тогда было бы she has a boyfriend. For example