Зачем в этом предложении два раза подряд tо be используется? The flowers are being watered - цветы поливаются

Это так называемый Present Continuous Passive - настоящее продолженное время в пассивном залоге.
The flowers are being watered - цветы поливают сейчас.
Форма "is/was being V-ed" на самом деле - едва ли не последняя, которая вошла в состав нынешней классической английской грамматики. Впервые она появилась только в XVIII веке, и даже в конце XIX века (!) многие лингвисты возражали против её использования.
Это, кстати, отражается в том, что форм Perfect Continuous в виде пассивного залога нет (просто-напросто не успели выработаться), поэтому в тех случаях, когда нужно передать в Passive действие, начавшееся до какого-то момента и продолжающееся вплоть до этого момента, употребляются формы Perfect:
The story has been written by him for three months. – Рассказ пишется им уже три месяца.

В образовании этой формы участвуют две формулы.
Одна - страдательного залога, to be + причастие II (-ed).
Другая - времен Continuous, to be + причастие I (-ing).

Представьте, что это математика, и подставьте одну формулу в другую:
(To be + причастие I смыслового глагола to be) + причастие II смыслового глагола to water.
Present Continuous Passive будет ( is + being) watered.

Are - в данном случае делает пассивный залог, а being - глагол показыкаущий, что именно делается с цветами ( ведь они могут не полько поливаться, но и выращиваться, опыляться, собираться, продаваться и тд...)

"The flowers are being watered" BECAUSE "we are watering them"
Present Continuous Passive = to be + стр. причастие В ОТЛИЧИЕ ОТ ПРОСТО Present Continuous (Tense)

Страдательный залог (один be) + продолженное время (второй be)

They are watering the flowers -> The flowers are being watered [by them]
They water the flowers -> The flowers are watered [by them]