Почему are в конце? It's almost criminal how little known these guys are.

Потому, что known :)

Потому что сложноподчиненное предложение.

Почитай про инверсию.

Придаточное предложение--guys--подлежащее, are - сказуемое

Это чтоб не получилось вопроса в придаточном:

— nobody knows what my hobby is.

Вопрос, который идёт после первой части сложного предложения, всегда имеет прямой порядок слов.

It's almost criminal how little known these guys are - Это почти незаконно, насколько мало известны эти ребята [есть], поскольку в английском почти всегда (за определёнными исключениями) необходимо сказуемое, закреплённое к каждому подлежащему, и в тех случаях, когда в русской версии предложения его нет, в английской нужно использовать 'to be' [быть, являться, находиться], в подходящей форме по времени/подлежащему.

Это не вопрос, поэтому прямой порядок слов.
если бы это был вопрос, тогда был бы обратный порядок слов.

Нow known are these guys?

Глагол be может ставиться в конце предложений по разным причинам. Пример, который ты привел, содержат придаточные предложения, начинающиеся с вопросительного слова. Это один из случаев, когда в конце придаточного предложения будет сказуемое (если оно выражено глаголом be -- то в конце будет be).

1.1. WHERE is my son?
1.2. My son is here/there/in Moscow.
1.3. I want to know WHERE my son is.

2.1. WHO are they?
2.2. They are strange people/men/women.
2.3. I am a scientist if you know WHO they are.

Обратите внимание на частичное совпадение между предложениями 1.2. и 1.3. и между 2.2. и 2.3. соответственно.