Почему в этом предложении being является герундием? John being absent

Это действительно герундий (как ответила konbanwa после вашего дополнения)
Вот на английском форуме обсуждается практически точно ваш вопрос:
https://english.stackexchange.com/questions/299578/in-nobody-was-surprised-at-john-being-absent-is-being-a-present-participle

John being absent - причастие
John's being absent - герундий
Герундий - Неличная форма глагола, выражающая название действия, обладающая свойствами глагола и существительного и отвечающая на вопросы «что делание, что сделанность».
Как существительное:
I. В предложении может быть:
1. Подлежащим: Reading is my hobby. Чтение - моё любимое занятие.
2. Именной частью составного сказуемого: My favourite hobby is reading. Моё любимое занятие - чтение.
3. Прямым дополнением: I remember reading it. Я помню, что читал это.
4. Предложным косвенным дополнением: I am fond of reading. Я поклонник чтения.
5. Определением: I had a pleasure of reading a good book. Я имел удовольствие прочитать хорошую книгу.
6. Обстоятельством: After reading the book he went to school. Почитав книгу, он пошёл в школу.
II. Может сочетаться с предлогами: I am thinking of going to the cinema. Я подумываю о том, чтобы сходить в кино.
III. Может определяться местоимением: We spoke of our going to the cinema. Мы разговаривали о нашем посещении кинотеатра.
IV. Может определяться существительным в притяжательном падеже: He objected to the customer’s paying only half of the price. Он возражал, чтобы клиент заплатил только половину цены.
Как глагол
1. Может иметь прямое дополнение: I remember reading this book. Я помню, что читал эту книгу.
2. Может являться частью составного глагольного сказуемого: I started reading this book. Я начал читать эту книгу.
3. Может определяться наречием: She likes reading aloud. Она любит читать вслух.
4. Имеет формы аспекта и залога:

с предлогом - герундий

Я немножко пределаю, чтобы не запутаться.
Я удивился Джону, плавающему в бассейне. Я удивился Джоновому плаванью в бассейне.

если по-простому, то причастие не может выполнять функции существительного, а герундий может.
это Ваш случай.