Почему электрону в атоме противопоставляют протон, а не ядро?

Насколько я знаю такого противопоставления нет. А если бы и было, то скорее противопоставляли бы не протон электрону, а позитрон. Это же антиматерия всё-таки... кого, как не её, противопоставлять какой либо материи :))

Атомы состоят из ядра и электронов.
Ядро атома состоит из положительно заряженных протонов и незаряженных нейтронов. Число протонов Z соответствует порядковому номеру атома в периодической системе Менделеева и определяет его принадлежность к некоторому химическому элементу, а число нейтронов N — определённому изотопу этого элемента. Количество нейтронов в ядре может быть разным: от нуля до нескольких десятков. Если число электронов совпадает с числом протонов в ядре, то атом в целом оказывается электрически нейтральным. В противном случае он обладает некоторым положительным или отрицательным зарядом и называется ионом.

Электрон (-1,me) - Позитрон (+1,me)
Антипротон (-1,mp) - Протон (+1,mp)
Протон противоположен электрону только по своему заряду. А так, у обеих частиц есть свои собственные "отражения".

кроме протона, там еще U и D кварки, больше ничего

Потому что ядро состоит не только из протонов но и нейтронов, которые и удерживают отрицательный заряд электронов (это есил по простому) а так как ядро при равных прочих нейтронов может содержать разное количество нейтронов то потому и считают электроны по количеству протонов. Да и сравнивать электроны с протонами не надо потому что протон это частица а электрон - поле... теперь живите с этим.

Ну и мешанина в голове. ..