Каковы изъяны теории происхождения видов по Дарвину?

Мне кажется, "изъяны" -- это не то слово, которое тут подходит. Скорее, это "белые пятна", которые потом заполнили другие люди. Более конкретно:

1. Изначальная теория Дарвина не постулирует поддающегося экспериментальной проверке механизма передачи признаков по наследству. Другими словами, Дарвин описывает свои наблюдения и кагбэ говорит: "я вижу, что у организмов есть изменчивость от поколения к поколению (дети не являются точными копиями родителей), я вижу, что одни изменения способствуют улучшению выживаемости в конкретной экосистеме, а другие нет, но я не понимаю, откуда берется эта изменчивость (т. е., почему дети не являются точными копиями родителей)". Этот механизм уже после Дарвина изучала генетика (сначала было доказано, что признаки наследуются от одного из родителей, причем от какого именно -- дело случая, потом было установлено, что это химический процесс, в котором участвует ДНК, далее по всем пунктам). И экспериментальная проверка генетической изменчивости как причины эволюции была многократно проведена примерно сто лет назад в рамках так называемого "эволюционного синтеза". Титанами этого дела были Томас Хант Морган и Феодосий Добжанский. (Когда Трофим Лысенко изливал желчь по поводу "вейсманизма-морганизма", его гнев был обращен именно на Томаса Ханта Моргана...)

2. Дарвин, ничего не зная о генетике, ничего не знал о горизонтальной передаче генов. Для многоклеточных организмов это незначительное упущение (значимая горизонтальная передача у многоклеточных -- большая редкость; у человека, например, порядка 8% генома -- доказанные вирусные включения, но это "мертвый" код, как закомментированные строки в компьютерной программе). У одноклеточных, однако, горизонтальная передача -- это значимый механизм эволюционной изменчивости.

3. Дарвин, ничего не зная о генетике, ничего не знал о том, как генотип может меняться на ранних этапах развития эмбриона в результате химических и радиационных воздействий на эмбрион. Эта линия исследований сейчас называается "evo-devo" (evolution / development). Другими словами, химические и радиационные воздействия на "ранний" эмбрион, состоящий из небольшого числа клеток, могут привести к тому, что у организма, который сформируется из этого эмбриона. будут признаки, которых не было ни у одного из родителей. Причем эти признаки могут быть полезными для выживания, вредными (вплоть до того, что организм не может существовать и погибает в процессе развития эмбриона или вскоре после рождения) или незначимыми. В селекции растений, например, был период, когда экспериментальные семена намеренно подставляли под гамма-лучи (т. е., случайным образом деформировали ДНК), а потом проращивали и смотрели, не появится ли от этого каких-то приятностей типа более высокой урожайности или повышенной устойчивости к болезням. Часть семян от такого с ними обращения просто не прорастала, часть прорастала, но растения были хилые, часть прорастала, но ничем не отличалась от контрольной группы, часть имела какие-то положительные с точки зрения селекционера особенности...

4. Дарвин, ничего не зная о генетике, ничего не знал об эпигенетике -- одного присутствия гена в геноме мало, нужно еще, чтобы в геноме были инструкции на предмет того, какой ген "рабочий", а какой нет (опять-таки аналогия с закомментированными строками в программе). Например. у человеке есть ген, который отвечает за формирование в слизистой оболочке носа рецепторов, чувствительных к запахам -- в точности такой же, как у собаки. Но у человека, в отличие от собаки, этот ген "выключен", то есть "команды", которые в нем содержатся, при развитии эмбриона не исполняются и у человека не развивается "собачий нюх".

Короче говоря, Дарвин видел изменчивость, но не мог ее объяснить. Причем этих объяснений есть несколько...

Она уже давным-давно преобразована в теорию эволюции. Доказательства теории эволюции исчисляются сотнями тысяч.

Только один изъян - для понимания работы эволюции нужно иметь некоторое интеллектуальное мужество и не бояться напрягать голову. Именно поэтому верующие, к примеру, категорически не способны понять содержание этой теории.
Ихняя библия такого изъяна не имеет - в ней все идеи на уровне пятилетнего ребенка, все фразы коротенькие и начинаются с одной и той же буквы. Вот такую "пищу" слабый ум верующего еще как-то может принимать.

За последние 160 лет теория эволюции Дарвина была существенно исправлена или дополнена. Но ее краеугольный камень — концепция естественного отбора — никуда не делся и по-прежнему служит фундаментом для всего здания современной биологии. Не все положения этой замечательной книги прошли проверку временем.
Некоторые идеи Дарвина современная наука считает устаревшими.

Роль изоляции
Дарвин полагал, что для возникновения различий между двумя родственными формами достаточно, чтобы формы с уклоняющимися признаками были лучше приспособлены, чем формы со средними значениями признаков. Со временем, полагал Дарвин, уклоняющиеся формы дадут начало новым видам.
На самом деле, только те вариации, которые так или иначе полезны, сохраняются или подвергаются естественному отбору.

«Происхождение видов»
Современная эволюционная теория считает отбор необходимым, но не достаточным условием для появления новых видов. Чтобы уклоняющиеся формы дали начало новым видам, между ними должен прекратиться обмен генами, то есть так или иначе должны сложиться условия изоляции, препятствующей скрещиванию.

Нейтральные признаки
В «Происхождении видов» Дарвин не придавал особого значения «не полезным и не вредным признакам».
Вариации бесполезные и безвредные не подвергаются действию естественного отбора; они сохраняются как колеблющийся элемент, как это наблюдается у некоторых полиморфных видов, либо же, в конце концов, закрепляются в зависимости от природы организма и свойств окружающих условий.

Концепция вида
Дарвин не уделял большого внимания проблеме различения видов. Он сосредоточился на наличии переходных форм, разновидностей между видами.
Географические расы, или подвиды, представляют локальные формы, вполне определенные и изолированные; но так как они не различаются сильно заметными или важными признаками, то не существует другого критерия, кроме личного мнения, чтобы решить, какие из них признавать за виды и какие — за разновидности.

Наследственность и генетика
Полностью изменилась со времен Дарвина теория наследственности.
Ряд выводов Дарвина оказались верны, например такие: «При оплодотворении происходит объединение наследственных зачатков обоих родителей» и «все клетки организма содержат полный набор наследственных зачатков».
Но были выводы и неверные, например: «Наследственные зачатки в соматических клетках изменяются под воздействием внешних условий» и «соматические клетки “делегируют” свои наследственные зачатки в половые клетки».
Современная теория естественного отбора, позволяющая нам находить те участки генома, на которые действовал естественный отбор, и использовать эти знания для создания новых сортов растений и пород животных, сохраняет дарвиновский подход к объяснению приспособленности организмов к окружающей среде, но использует те знания и концепции, которые были выработаны уже после Дарвина.

Единый механизм отбора
Дарвин рассматривал зародышевое развитие животных в самом общем виде.
Большое количество данных о генетической регуляции развития самых разных видов животных, полученное с тех пор, позволили исследователям приблизиться к пониманию соотношения между устойчивостью путей развития и возможностью их изменения, что дало возможность подойти к решению вечной проблемы теории эволюции — проблемы возникновения новых признаков.
https://nplus1.ru/material/2019/11/25/darwin

Дарвин не понимал сути наследственности, поэтому только констатировал её и описывал исключительно внешние проявления эволюции, а всю глубину глубину и суть эволюционного механизма обнаружила генетика, возникшая позднее. Однако, заслуги Дарвина никто не отменяет: хоть он и увидел только верхушку айсберга, он все равно первооткрыватель айсберга.

Признаки в природе закрепляются случайным образом, а отнюдь не самые лучшие.
По Дарвину получалось, что если скрестить красный цветок с белым то получишь розовый.
Это не объясняло почему сосуществуют красные, белые, розовые и даже иногда желтые цветки. А не один коричневый вид.
Таким образом если бы закреплялся только один признак никакого многообразия видов быть не могло, а вместе с тем и естественный отбор был бы невозможен.

Почитай труд Данилевского "Дарвинизм: Критическое исследование", там собрана вся критика, которая привела на смену чистому дарвинизму синтетическую теорию эволюции.

То, что она неконструктивна (неконкретна) не является изъяном ни для какой общей теории — он и не претендовал на детали, формулируя принцип развития жизни. Вот после этого все и набросились на поиск деталей, в чём преуспевают и поныне — объём работы непосильный даже группе учёных — настолько он велик!

Дарвин называл Господа высшим селекционером.

Дальнейшее эволюционирование всех остальных млекопитающих