Заявление на возврат налога

Полноценный ответ на вопрос дать невозможно, т. к. Вы не указали в связи с чем просите вычет. Насколько я понимаю, речь идет о налоговом вычете по НДФЛ. Налоговым кодексом предусмотрены следующие виды вычетов: стандартные, социальные, имущественные. Судя по всему вы имеете ввиду либо социальный, либо имущественный вычет, т. к. стандартные применяются в основном у работодателя. Есть ещё особенности предоставления вычета по ценным бумагам, но, думаю, они к данной ситуации не относятся.
По общему правилу, социальные и налоговые вычеты предоставляются после подачи декларации. Так что, скорее всего, налоговая инспекция права.

НАЛОГОВЫЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Статья 219. Социальные налоговые вычеты
2. Социальные налоговые вычеты, указанные в пункте 1 настоящей статьи, предоставляются при подаче налоговой декларации в налоговый орган налогоплательщиком по окончании налогового периода.
Социальный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 4 пункта 1 настоящей статьи, может быть также предоставлен налогоплательщику до окончания налогового периода при его обращении к работодателю (далее в настоящем пункте - налоговый агент) при условии документального подтверждения расходов налогоплательщика в соответствии с подпунктом 4 пункта 1 настоящей статьи и при условии, что взносы по договору негосударственного пенсионного обеспечения и (или) добровольному пенсионному страхованию удерживались из выплат в пользу налогоплательщика и перечислялись в соответствующие фонды работодателем.
Статья 220. Имущественные налоговые вычеты
2. Имущественные налоговые вычеты (за исключением имущественных налоговых вычетов по операциям с ценными бумагами) предоставляются при подаче налогоплательщиком налоговой декларации в налоговые органы по окончании налогового периода, если иное не предусмотрено настоящей статьей.
3. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 2 пункта 1 настоящей статьи, может быть предоставлен налогоплательщику до окончания налогового периода при его обращении к работодателю (далее в настоящем пункте - налоговый агент) при условии подтверждения права налогоплательщика на имущественный налоговый вычет налоговым органом по форме, утверждаемой федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.

Камеральная проверка декларации по НК РФ проводится 3 месяца. Заявление на возврат должно быть обработано по тому же НК РФ в течение 1 месяца. Несостыковка получается. Те налоговые, которые принимают вместе, просто берут на себя ответственность, и не регистрируют заявление на вычет до окончания камеральной проверки. Теоретически - по закону - они не правы, фактически - по человечески - людям так удобнее...