Что делать если гарантийный ремонт длится более 45 дней?

Это зависит от того, кому Вы передали товар для устранения недостатков, и определялся или нет срок ремонта в письменной форме соглашением сторон.

Если товар был передан продавцу, и срок соглашения об устранении недостатков был заключен в письменной форме, в случае нарушения срока (либо на 46 день устранения недостатков, если стороны договаривались на максимально допустимый срок в 45 дней) , потребитель вправе на основании статьи 23 (пункт 2), изменить первоначальное требование об устранении недостатков и потребовать замены на новый товар, либо отказаться от исполнения договора купли-продажи и потребовать возврата уплаченной за товар суммы. Если потребитель не захочет изменять первоначального требования и готов ждать окончания ремонта, он вправе по окончании ремонта потребовать уплаты неустойки за каждый день просрочки в размере одного процента цены товара на основании первого пункта статьи 23.

Если товар для устранения недостатков передавался в СЦ, и срок соглашения об устранении недостатков был заключен в письменной форме, в случае нарушения срока (либо на 46 день устранения недостатков, если стороны договаривались на максимально допустимый срок в 45 дней) , потребитель вправе на основании статьи 23 (пункт 1), потребовать уплаты неустойки за каждый день просрочки в размере одного процента цены товара.

Если срок устранения недостатков товара не был определен в письменной форме соглашением сторон, то требовать неустойки или изменить первоначальное требование потребитель не вправе, независимо от того, кому был передан товар для устранения недостатков. Такой ремонт может затянуться на несколько месяцев. Хоть в Законе и говорится, что если срок устранения недостатков товара не определен в письменной форме соглашением сторон, эти недостатки должны быть устранены незамедлительно, то есть в минимальный срок, но при этом добавляется, «объективно необходимый для их устранения с учетом обычно применяемого способа» . А этот самый «объективно необходимый срок с учетом обычно применяемого способа» для каждого СЦ может быть разным.
В этом случае можно воспользоваться статьёй 314 ГК РФ, во втором пункте которой говорится:
В случаях, когда обязательство не предусматривает срок его исполнения и не содержит условий, позволяющих определить этот срок, оно должно быть исполнено в разумный срок после возникновения обязательства.
Обязательство, не исполненное в разумный срок, а равно обязательство, срок исполнения которого определен моментом востребования, должник обязан исполнить в семидневный срок со дня предъявления кредитором требования о его исполнении, если обязанность исполнения в другой срок не вытекает из закона, иных правовых актов, условий обязательства, обычаев делового оборота или существа обязательства.

То есть можно написать заявление с требованием закончить ремонт в течение ближайших дней, а если такое требование не будет исполнено в течение 7 дней, у потребителя появляются те же права, что и при нарушении установленных сроков устранения недостатков.

Гражданский кодекс РФ Глава 22 Статья 314. Срок исполнения обязательства
http://www.zakonrf.info/gk/314/

Статья 20. Устранение недостатков товара
http://ozpp.ru/laws/zpp/20.php

Статья 23. Ответственность за просрочку выполнения требований потребителя
http://ozpp.ru/laws/zpp/23.php

Много вариантов. Основной - ждать! Другой- жалоба в РПН. Проведут проверку!