Когда мы используем вспышку, мы прикрываем диафрагму?

да

...хотелось бы уточнить - кто - МЫ?

О какой вспышке идёт речь? О встроенной?
Всё зависит от выбранного режима съёмки и режима вспышки.

Современная фотографическая аппаратура даёт возможность работать (даже со вспышкой) диафрагмой по сюжету, а не только по освещённости.
Это:
- диапазон выдержек синхронизации
- оперативное регулирование мощности вспышки
- оперативное регулирование чувствительности матрицы.
Этого вполне достаточно для того, чтобы варьировать относительное отверстие в соответствие с творческой задумкой.
Во времена Ч/Б плёнки и выдержке синхронизации = 1/30 сек (без вариантов), приходилось, на репортажи, носить три фотоаппарата с КН-2, КН-3 и А-2, так как приходилось снимать группы народа со вспышкой на довольно значительном расстоянии, при котором даже полностью открытая диафрагма (при низкой чувствительности плёнки), не обеспечивала нормальной экспозиции. В этих случаях приходилось жертвовать фотографической широтой (что обывателю было не сильно заметно), но иметь нормальную экспозицию.
Недавно делал групповой симок духового оркестра. Выставил музыкантов в три ряда, но всё равно по фронту получилось довольно значительное расстояние. Если снимать широким углом, то крайний народ "поплывёт" в углах, а на длинном ни одна вспышка не добьёт. да и одной равномерно такой план не осветить. Взял две вспышки, поставил их на половине дистанции фокусировки с базой шире фронта группы, поставил диафрагму = 8, так как на этой диафрагме объектив имеет наименьшие аберрации, выставил соответствующую мощность вспышек и поджог интегрированной вспышкой, которая на экспозицию никак не повлияла, поскольку световой поток от неё, для такой дистанции, был слишком мал, чтобы что-то осветить.
В этом случае прикрывание диафрагмы оправдано.

Определяется режимом и логикой прошивки

Все зависит от съемочной задачи. Часто снимаю на конференциях на открытой диафрагме (2.8 обычно) со вспышкой.... в студии же чаще ставлю 8 или даже 11.

Помню ещё со времён СССР диафрагма устанавливалась в зависимости от метража фокусировки...

Вы - не знаем. А мы устанавливаем значение диафрагмы, исходя из других критериев.
А в сочетании со вспышкой - можно ещё регулировать мощность самой вспышки, и выдержку.
Диафрагма и ИСО тут вторичны.

Если приоритет выдержки, она сама прикроется, а если диафрагмы, выдержка просто будет покороче с пыхой
А если вы такой мастер, что на ручном режиме, то опыт вам в помощь

ага - голой жопой

У меня вспышка на ручном режиме. Я регулирую мощность пыхи. Выдержка 200, диафрагма по сюжету, сначала мощность половину, потом смотрю убавить одну-две ступени. Очень редко когда прибавляю больше половины.