после бега начинают сильно болеть ноги, что делать?

техника, обувь и разминка не при чём.
Болит надкостница
У самого так болела, что еле домой доходил. И техника у меня была правильная, и обувь беговая. Через где-то два-три месяца прошло.

Тут возможны два варианта:
1. Некачественная обувь.
2. Неправильная техника бега.

Решение первой проблемы является покупка хороших беговых кроссовок ( советую мизуно или асикс) . Доскональные подробности о том, как выбрать кроссовки для бега можете прочитать здесь.

Решением втрой проблемы является смена техники бега. Возножно Вы "долбите" по ноге резко ставя ногу на пятку. Старайтесь ставить стопу мягко, чтобы не травмироваться. Можно плавно перекатываться с пятки на стопу, а можно бежать на стопе, немного опускаясь на пятку. Главное не допускать резких ударов по пятке:
http://www.moscow-faq.ru/articles/wayoflive/sport/2011/June/6478

О том как нужно начинать бегать и как делать это правильно Вы сможете прочитать здесь:
http://www.moscow-faq.ru/articles/wayoflive/sport/2012/May/7011

не бегать

ни в коем случае не бегайте больше! это не ваше! Максимум спортивная ходьба! Связки посадите и всё тогда!

не бешать

костям и суставам нужно позволить зажить, т. е. занятия бегом временно приостановить, если болят кости стопы, то это скорее всего из-за обуви, возможно стиль бега не подходит, можно попробовать другие способы, бег задом кстати тоже полезен и эффективен, нагрузка от него выше, а вот если болят колени, то занятия бегом необходимо прекратить пока колени окончательно не заживут, затем можно продолжить бег, сама с этим сталкивалась, одна из самых распространённых проблем

попробуйте бегать по газону, а не по асфальту
больше времени между тренировками

Делайте разминку до бега и после. До бега растяжки минут 10-15. Начинайте бежать не быстро, а маленькими шажками. Говорю, Вам, как КМС по плаванию и триатлону) И купите хорошие кросовки) Они должны быть на ноге как-раз... не больше

Неправильная техника бега! Исправить технику бега можете в Nike running.