Бегую каждый день кроме воскресенья 3 км. Первую неделю нормально, на вторую к концу ближе стали сильно болеть икры.

Я начинал примерно так:
Понедельник-Среда-Пятница, месяц отбегал - повысил планку. Но запомни, частый бег остановит рост мышц.

Организму нужно давать время для восстановления. Либо бегай через день, либо уменьшай расстояние, либо меняй питание на более калорийное и витаминизированное. В противном случае тебя надолго не хватит. Будут потом коленки хрустеть как у старика.

Найдите свой график! Для здоровья советуют бегать три раза в неделю по 30-40 минут.
Я бегаю один раз в неделю 1 час (10км) и два раза различными интервалами по 3-5 км.
Цель ЗОЖ и выносливость.

а потом колени заболят

Каждый день бегать не стоит, особенно если вы начинающий. Лучше чередовать через день или два. Для привыкания мышц к нагрузкам периоды отдыха важны ничуть не менее, чем сами беговые тренировки.
Плюс икры и особенно голеностоп/колени могут болеть если бегаете по плохому покрытию или в неудобной обуви.

У меня знакомая так добегалась, теперь заработала воспаление коленного сустава. Теперь сидит дома и лечится болеутоляющей мазью Салвисар с ядом гадюки, воспалительный процесс уменьшает. Сама натираюсь после трени, мазь расслабляет неплохо. Погуглите в интернете, я забыла как это техника называется. Ну вообщем надо как- то так: шея в нейтральной позиции, глаза смотрят вперед
вдох на два шага, выдох на два шага при темповом беге
плечи расправлены и опущены.
пресс немного напряжен, обеспечивает стабилизацию бедер
локти не выходят вперед, руки согнуты на 90 градусов
стопа тихо приземляется на широкую часть точно под центром тяжести тела без шарканья и лишних движений
пятка касается земли в последнюю очередь на долю секунды и тут же отрывается
пятка подтягивается к ягодице.
толчок носком отсутствует или минимален
частота касаний – 90 раз в минуту для каждой ноги.
минимальное вертикальное колебание
максимальное расслабление на фазе опускания ноги.
скорость регулируется наклоном корпуса, а не частотой шага.