Что делать, если болят колени после бега?

восстановите колени и переходите на велосипед

Могут навредить.
Лучше провериться в спортдиспансере.

Какая цель занятий? Если нет выступлений, то и нехер жаловаться . Плиометрику можно отменить. Так бегать слегка. На ноги лучше делать статодинамику, там больше красного волокна

прыжки и бег очень опасны для суставов - это ударные нагрузки. Завязывайте с этим. А вот приседы с большими весами им не навредят

Со временем хрящ коленного сустава истончается, а нагрузки усиливают этот процесс. Возможно, у вас от этого и боли в коленях. Не исключено, что начался также воспалительный процесс. Это лечится, не знаю, насколько эффективно, почитайте. Я бы на вашем месте не делала ничего вопреки протестов коленей; ведь боль - сигнал от организма, что что-то с ним не так.
Избегайте бега по твердым и песчаным поверхностям, это я вам по опыту говорю, но не только.
Любое воспаление в организме - это плохо, чтобы помочь ему я советовала бы вам принимать куркуму с черным перцем и ограничить потребление сахара, самый лучший вариант - вообще выбросить его вон из рациона.
Проверьте состояние коленей у врача и будьте осторожны с тренингом.
Хотите безвредно накачать ножки - жмите на педали ;) Но. Любой тренинг надо прекратить, когда появляются болевые ощущения, и выяснить причину.
Удачи вам и здоровья!

В беге всегда будет что-то болеть, болеть в ногах.