как правильно проводить служебную проверку по поводу прогула?

АКТ О ПРОГУЛЕ составляется работодателем, но обязательно сформировать комиссию с несколькими лицами, которые бы засвидетельствовали факт прогула - отсутствия работника на рабочем месте. Формализованного Акта о прогуле не существует, поэтому составляя его стоит руководствоваться общими правила составления трудовых документов. Ниже Вы можете увидеть примерную форму акта о прогуле, которую можно корректировать в зависимости от Вашей ситуации.

АКТ О ПРОГУЛЕ

г. Москва
"___" ___________ 2009 года

Мною, директором ООО "Родина" Ивановым Иваном Сергеевичем, в присутствии менеджера Сидорова Ивана Ивановича и главного бухгалтера Поспелова Ивана Сидоровича составлен настоящий АКТ О ПРОГУЛЕ.
20 июня 2009 г. мною была получена служебная записка об отсутствии на рабочем месте Петрова Ивана Ивановича, бухгалтера, в связи с чем была проведена проверка данного факта и составлен акт о прогуле (об отсутствии работника на рабочем месте) .
В соответствии со ст. 193 Трудового кодекса от работника было затребовано объяснение в письменной форме.
Свое отсутствие на рабочем месте Петров И. И. объяснить отказался (или: для дачи объяснений работник в указанное время не явился) .
Таким образом, Петров Иван Иванович, бухгалтер, совершил однократное грубое нарушение трудовых обязанностей - прогул.
В соответствии с подп. "а" п. 6 ст. 81 ТК РФ отсутствие работника на рабочем месте без уважительных причин в течение всего рабочего дня является прогулом и влечет увольнение работника.

Содержание данного акта подтверждаем личными подписями:
1. ______________________
2. ______________________

Комиссия обязательна.
Процедура эта длительная и чтобы учесть все нюансы лучше зайдите на сайт kdelo.ru там можно посмотреть все подробно.

Обязательно нужно составить акт, который подписывается членами комиссии (т. е. комиссия обязательна) . акт составляется на основании заявления человека, который обнаружил прогул (начальника прогулявшего) в день и час обнаружения факта прогула. В комиссию должны входить не заинтересованные люди, например, кадровик и два сотрудника компании (из других отделов) . После составления акта у прогульщика запрашивают объяснения в письменном виде. При его отказе составляется новый акт.

почитайте внимательно ст. 192,193 Трудового кодекса и комменты к ней.