Что делать в ситуации, когда один сотрудник болел, а тот кто его заменял не делал его работу и получились завалы?

Разгребать всё самой, иначе никак...

Разгребать завалы ...
Об чём проблемы то? Если человеку замещающего Вас доплачивали за Вашу работу - тогда да, спросить по полной и разруливать всё вместе. Если же у Вас на работе рокамиводители учинили ,, оптимизацию ,, и просто не оставили людей на подмену - отнесите все лишние бумаги начальнику на стол - пусть сам разгребает.
Третий вариант как первый, тупо переложить бумажки с одной кучки в две другие - ,на завтра, , и ,, на потом ,,

Если по-человечески, то поругаться с начальником, поскольку он не контролирует ситуацию, а у сотрудника наверняка есть своя работа. А если из карьерных соображений, то написать рапорт начальнику, что сотрудник вас замещающий, не сделал то и то, и что из этого вышло. Но наверное надо поговорить серьезно и с тем и с тем, чтобы не считали, что вы все проглотите и будете работать, как ни в чем не бывало! И я бы все-таки немного поставила начальника на место, потому что вина первая - его! Но вам виднее, мы-то не знаем что у вас за начальник, и какие у вас с ним отношения: хорошие, плохие. И метод убеждения тоже может быть разный: или ласково известить его, или разругаться в пух и прах! Все это нарабатывается годами, и искусство влияния на начальника тоже.

держись