могут ли материально наказать работника за пропавшее имущество, которое состоит на балансе предприятия?

Вполне. Так как взыскания устанавливаются самим начальником.

Абсолютно правомерно.
Вы, кладовщики, материально-ответственные лица и головой отвечаете за товар и оборудование, которое находится у вас на складе. И договор о мат. ответственности однозначно подписывали.
Вы отвечаете за склад полностью. За курицу, сканеры и прочий бред, что у вас там лежит.

А если подписан договор бригадной ответственности, то за все это отвечает не только главный кладовщик, но и вся складская команда.

Обычно, все оборудование "вешают" на кого-нибудь. Вот и нужно поинтересоваться, на кого конкретно записан сканер.

не так просто вы не отвечаете если материально за сканер если - то незаконно

Вы материально ответственны за сканер? Скорее всего нет.
Фирма списывает его в убытки и покупает новый - для фирмы это не ущерб.

Если у вас вычтут - тогда заведите порядок при котором каждый приходя на работу будет принимать оборудование, расписываться за него, а при уходе кому-нибудь сдавать. Оформите это приказом - соберитесь все кладовщики вместе и пойдите к начальству с заявлением.
Либо начальство будет играть в бюрократию, либо простит вам этот сканер.

У меня в отделе 6 компов, два внешних диска по террабайту, сканер, плоттер, сейф, столы, стулья, шкафы. Все это принадлежит предприятию, но материально ответственна за них я по распоряжению генерального, как начальник отдела. Отвечать за пропажу сканера должен тот, на кого возложена ответственность.

Впринципе вы как кладовщик - лицо материально ответственное, но сканер по идее не не товар, а инстумент, но тож имущество предприятия, хотя должна быть книга учёта подотчётного товара (скорее всего её нет) - поэтому вопрос спорный !