есть прописка в одном р-не Москвы, но проживаю в другом р-не Москвы, нужна ли регистрация по месту факт. проживания?

если нет для этого необходимости то нет

Положено через 90 дней, но кто докажет, что вы через день не ездите домой - короче, сами не признаетесь, никто не докажет

Прописки давным давно не существует.
Так что, что у Вас там, одному Богу известно.
Современное законодательство знает институт регистрации по месту жительства и по месту пребывания.