Будут ли высчитывать деньги из зарплаты при переплате?

конечно пересчитают. ты же не заработала эти деньги - работала в два раза меньше. они не твои, а конторские.

Если Ваше заявление потеряли, то Вам и не предоставляли приказа об установлении Вам 0.5 ставки, доп. соглашение к трудовому договору не было? Как Вам закрыли табель за этот месяц? Думаю, если выплатили полностью з/п, то соответственно по 8 часов в день (или какой у Вас там график) . Варианта два. Или они все провернут задним числом, и пересчитают з/п (что ни есть хорошо для Вас (а уж для них тем более, если работник встанет в позу) . Или оставят все как есть и в текущем месяце все исправят, а з/п простят Вам (что мало вероятно) . Одно но... если вставать в позу, надо быть уверенной, что у работодателя нет никаких возможностей доказать, ваше время прихода и ухода с работы, т. к. получается, что вы ежедневно прогуливали (ведь документов об изменении режима работы для Вас они ведь тоже не делали, значит у Вас нет доказательств, что это не Ваша личная инициатива - уходить с работы пораньше каждый день.

А в табели учетного времени сколько стоит, что вы отработали? Тут вопрос достаточно скользкий: В принципе вы можете попросить через заявление удержать с Вас эту сумму не в след зарплату, а например удерживать в течении полугода (имеете на это право-ошибка произошла не по вашей вине) . Вы можете отказаться возмещать. Если вы откажетесь возмещать, то в принципе могут удержать из зарплаты бухгалтера, которая допустила эту ошибку (если сумма не превышает ее среднемесячный доход) . Вопрос в том, что ответит в этом случае Ваша совесть.. . и сможете ли вы в дальнейшем продолжать работать на предприятие?

смотри приказ о переводе и табель рабочего времени