как начислять больничный?

Ни какой болничный ни кто выдавать не должен. Это не пособие по нетрудоспособности, военкомат ни к ФСС, ни к здравоохранению ни какого отношения не имеет.
п. 1 ст. 6 ФЗ "О воинской обязанности и военной службе"
Граждане на время медицинского освидетельствования, медицинского обследования или лечения для решения вопросов о постановке их на воинский учет, об обязательной подготовке к военной службе, о призыве или добровольном поступлении на военную службу, призыве на военные сборы, а также на время исполнения ими других обязанностей, связанных с воинским учетом, обязательной подготовкой к военной службе, призывом или добровольным поступлением на военную службу и призывом на военные сборы, освобождаются от работы или учебы с сохранением за ними места постоянной работы или учебы и ВЫПЛАТОЙ СРЕДНЕГО ЗАРАБОТКА или стипендии по месту постоянной работы или учебы, им возмещаются расходы, связанные с наймом (поднаймом) жилья и оплатой проезда от места жительства (работы, учебы) и обратно, а также командировочные расходы.
Ст. 165 Трудового кодекса РФ: работникам предоставляются гарантии и компенсации в следующих случаях:
при направлении в служебные командировки
при переезде на работу в другую местность
при исполнении государственных или общественных обязанностей.. . (военная служба согласно ст. 59 Конституции РФ является долгом и обязанностью гражданина РФ) . При предоставлении гарантий и компенсаций соответствующие выплаты производятся за счет средств работодателя.. . работодатель освобождает работника от основной работы на период исполнения государственных или общественных обязанностей.
Статья 170 Трудового кодекса РФ - Гарантии и компенсации работникам, привлекаемым к исполнению государственных или общественных обязанностей:
Работодатель обязан освобождать работника от работы с сохранением за ним места работы (должности) на время исполнения им государственных или общественных обязанностей в случаях, если в соответствии с настоящим Кодексом и иными федеральными законами эти обязанности должны исполняться в рабочее время.

так и начислять будете: издадите приказ о том, что работник находился в стационаре по направлению военкомата, приложите к приказу справку и оплатите это время по среднему.

Что за бред. Человек лежал в стационаре, а ему говорят б-л не нужен. Или ваш этот человек что-то путает. Не может быть, чобы ему не дали больничный в стационаре.

Должен быть выдан больничный, пусть идет в управление по здравохранению.

честно, без понятия даже

нет бумажки - начислять не с чего. без больничного не имеешь права начислять.