Как оформить долевую собственность на здание соглашением сторон?

У нас зарегистрировано право собственности на нежилое здание в 2000 г. , затем в 2002 г. по решению суда. другое лицо зарегистрировало в этом же здании право на функциональное помещение (включенное в общую площадь здания), что в пересчете на площадь здания составляет 36/1000. Теперь получается,что у нас - здание, а у него - функционалка, хотя по закону допускается либо одно либо другое. На практике я встречалась наоборот - с переводом из долевой собственности через выдел в натуре - к регистрации прав на помещения. Поскольку для нас как основного владельца, регистрация прав на помещения неприемлемо и юридически приведет к уничтожению здания как объекта, хотим зарегистрировать со с вторым собственником общую долевую собственность, с определением порядка пользования фактическими помещениями. Если кто сталкивался, подскажите, возможно ли это, как составить такое соглашение и как относится к этому регистрационная служба?