Что прописать в приказе по личному составе при увольнении (вопрос внутри)

Не совсем понятная ситуация. Если сотудница №2 оформила отпуск по уходу за ребенком до окончания срока договора, то с выходом основного сотрудника договор прекращается.
ч. 3 ст. 79 ТК РФ прямо предусматривает, что действие трудового договора, заключенного на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, прекращается с выходом этого работника из отпуска. Сам ТК РФ связывает окончание срочного трудового договора не с окончанием периода, который был указан в трудовом договоре, а с выходом основного сотрудника. Поэтому сотрудницу №2 увольняете в связи с истечением срока трудового договора по п. 2 ч. 1 ст 77 ТК РФ. Пособие она теперь будет получать через фонд социальной защиты.

Непонятно, почему Вы вовремя не уволили вторую работницу в связи с окончанием действия договора? Из ст. 261 ТК РФ: "Допускается увольнение женщины в связи с истечением срока трудового договора в период ее беременности, если трудовой договор был заключен на время исполнения обязанностей отсутствующего работника и невозможно с письменного согласия женщины перевести ее до окончания беременности на другую имеющуюся у работодателя работу (как вакантную должность или работу, соответствующую квалификации женщины, так и вакантную нижестоящую должность или нижеоплачиваемую работу) , которую женщина может выполнять с учетом ее состояния здоровья. При этом работодатель обязан предлагать ей все отвечающие указанным требованиям вакансии, имеющиеся у него в данной местности. Предлагать вакансии в других местностях работодатель обязан, если это предусмотрено коллективным договором, соглашениями, трудовым договором".
Вы должны были уволить вторую работницу, и никакой отпуск по уходу за ребенком ей уже не был положен. Теперь ее договор стал бессрочным (из ст. 58 ТК РФ: "В случае, когда ни одна из сторон не потребовала расторжения срочного трудового договора в связи с истечением срока его действия и работник продолжает работу после истечения срока действия трудового договора, условие о срочном характере трудового договора утрачивает силу и трудовой договор считается заключенным на неопределенный срок"). 50 руб. выплачиваются, пока женщина числится в Вашей организации.
А что вы будете делать, когда вторая сотрудница выйдет из отпуска и окажется, что на одном месте теперь две работницы?

Как только вышла основная сотрудница, нужно было уволить временную в связи с окончанием срока трудового договора, если на момент выхода первой сотрудницы у временной наступил декретный отпуск. Все пособия она получает через соц. защиту.

В данном случае вы должны уволить сотрудницу, принятую на период отсутствия основного работника. Затем она обращается в ЦЗ по месту жительства и ей выплачивается пособие через органы соц защиты