производственные работники работают по 12 часов

Статья 108 ТК РФ. Перерывы для отдыха и питания

В течение рабочего дня (смены) работнику должен быть предоставлен перерыв для отдыха и питания продолжительностью не более двух часов и не менее 30 минут, КОТОРЫЙ В РАБОЧЕЕ ВРЕМЯ НЕ ВКЛЮЧАЕТСЯ.
Время предоставления перерыва и его конкретная продолжительность устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка или по соглашению между работником и работодателем.
На работах, где по условиям производства (работы) предоставление перерыва для отдыха и питания невозможно, работодатель обязан обеспечить работнику возможность отдыха и приема пищи в рабочее время. Перечень таких работ, а также места для отдыха и приема пищи устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка.

Таким образом, если у вас предоставляется перерыв на отдых и питание, и это время работники могут использовать по своему усмотрению, то время перерывов не включается в рабочее время, то есть в табеле ставите 11 часов.

Если предусмотрен перерыв на обед 1 час, то рабочее время 11 часов. Если же такого перерыва нет, есть перерывы до получаса в течение смены, причем не определенные точно по времени, то рабочими считаются все 12 часов.

Из опыта скажу так. При 12 часовом графике работы получается очень большая переработка, которую Вы обязаны им оплачивать как сверхурочные. Даже если отчетный период у Вас равен году все равно в конце года переработка вылезет. Поэтому мы тоже включили им перерыв для отдыха и приема пищи.
Внесите изменения в Правила ВТР, сделайте им перерыв и в табеле спокойно ставьте 11 часов. Меньше проблем.