Нужна помощь грамотного кадровика....

Каким образом вы собираетесь вносить изменения, если записи в трудовую книжку должны повторять полностью приказ, а приказ у вас о приёме 01.04.2006г.??? Если вы будете переделывать приказ - делать его новым числом, то одна ложь повлечёт за собой другую, делать я это не советую.

Пускай работник сохранит обязательно свой экземпляр трудового договора с вашим ИП и выдайте ему ещё на всякий случай справку о периоде работы у вас. Сейчас расхождение в датах никакой роли не играет, а вот при назначении пенсии к этому точно придерутся (справка и трудовой договор помогут).

Новая запись, печать, Запись "Исправленному верить" печать. Это норма, только она имела смысл при Царе Горохе... .
Сейчас все пропускается через Службу занятости, Пенсионный Фонд и налоговую.
Трудовая книжка, это формальность, т. е. документ для Вас (Памятка) , а по существу, в определенных обстоятельствах, все записи ТК проверяются. Поэтому Трудовые договора, сумма зарплаты, сумма отчислений от зарплаты и т. д. должны в конечном итоге стыковаться. Время, когда всех уравнивали и уравняли, прошло. Проблема реальная для кадровиков.

В принципе Этника права, лучше всего последовать этому варианту, но если уж вы настроены переделывать запись в трудовой, делайте так: Во-первых придется переделать приказы, с 01.04.2006 по 17.05.2006 сотрудник мог работать у вас только по совместительству и на этот период у вас должно быть два приказа: первый о приеме на работу от 01.04.2006 года по совместительству, второй - об увольнении от 17.05.2006 г. Затем делаете еще один приказ о приеме от 18.05.2006 года уже по основному месту работы. Проблема в том, что по сути в этом случае у вас должно быть два трудовых договора, которые ИП на тот период был обязан регистрировать в администрации и ПФР.
После подготовки приказов делайте запись в трудовую книжку под следующим порядковым номером с датой внесения изменения: Запись за номером ,,,недействительна. И здесь же вносите новую уже правильную запись. И никаких "Исправленному верить"!