2 месяца не выплачивали зарплату. По причине отсутствия денег не вышел на работу. Имеют ли право уволить за прогул?

Имеют и еще как! Прежде, чем устраивать такую "забастовку", следовало работодателя письменно уведомить. А теперь Вам нужно железное алиби, типа больничного, на эти дни.

пишете им заказное письмо: согласно ст. 142 ТК РФ, я приостановил работу с __ 2013 до полной выплаты долга по зарплате. дата подпись

заявление писал о приостановке работы? в объяснительной за прогул чего написал?

Конечно. Ведь Вы же не воспользовались своим правом не выходить на работу, письменно предупредив об этом работодателя согласно ст. 142 ТК РФ сразу же на 16-й день задержки выплаты заработной платы.
А работая бесплатно вот уже как 2-й месяц, Вы добровольно соглашаетесь с данными условиями работодателя. Ведь привлечение работодателя к уголовной ответственности за задержку выплаты заработной платы по ст. 145.1 УК РФ (равно как и к административной) возможно только с письменного заявления работника/ков в прокуратуру. Не пойман - не вор, как говорится. А еще он сможет избежать наказания (если дело дойдет до суда) , если не будет доказан его злой умысел в задержке выплаты з/п.
Но можете попробовать пригрозить обращением в прокуратуру в случае обещания уволить за прогул. Правда, если он не из пугливых, то оплатит Вам 10 рублей, и уже в/у наказание к нему неприменимо, к сожалению, т. к. часть зарплаты он считай выплатил.

Что значит по причине отсутствия денег? на автобус не хватило доехать? или приостановили выполнение трудовых обязанностей в связи с невыплатой з/п? Уведомляли работодателя?

Если выплата зарплаты задержана на срок более 15 дней, сотрудники имеют право приостановить работу до ее выплаты. Об этом требуется письменно известить работодателя (ч. 2 ст. 142 ТК РФ) . Не имеет значения, произошла задержка выплаты по вине работодателя или нет (п. 57 Постановления Пленума ВС РФ от 17.03.2004 N 2).