Как посчитать Штрафы за невыданную трудовую и расчет при увольнении

Не стоит заморачиваться по поводу просрочки выплаты. Сумма мизерная.
Ставка рефинансирования ЦБ РФ на сегодня - 8,25 %
Расчет прост:
сумма задолженности х ставку рефинансирования ЦБ РФ / 100 / 300 х количество дней задержки выплаты.
Например, при расчете вам должны были выплатить сумму15000 рублей, просрочка -8 дней.
компенсация составит:
15000х8,25:100:300х8=33 руб.
Если желаете припугнуть работодателя, то пишите заявление с просьбой в назначенный вами срок выплатить причитающиеся суммы при увольнении (з/плата+компенсация за неиспользованный отпуск с уплатой процентов за просрочку выплат, в противном случае вынуждены обратиться за защитой своих прав в прокуратуру, суд. Проигнорирует ваше заявление-действуйте.

Еще и как может быть ответственность за удаленные фалы, вплоть до уголовной ответственности, причем на немалые сроки!

Да, поводом для обращения в суд вся эта ситуация является. И сделать это надо быстро. Что касается пени-то ее размер смехотворен и составит даже не несколько рублей, а несколько копеек на сегодняшний день .
Лучше заявить требование о взыскании морального вреда, тут хоть рублей на 300-500 можно рассчитывать.
Что касается увольнения-то предупредить надо было об увольнении за три дня.

О каких штрафах Вы говорите? Вы написали заявление и ушли с работы! Работодатель вообще имеет право Вас за прогул уволить.
Если в период испытания работник придет к выводу, что предложенная ему работа не является для него подходящей, то он имеет право расторгнуть трудовой договор по собственному желанию, предупредив об этом работодателя в письменной форме за три дня ( часть 4 статьи 71 ТК РФ). .

Лучше в Прокуратуру, а уж потом, если не пойдут на уступки. Судился с организацией, в течении1,5 лет, трудовую вернули в зале суда (а вот на втором слушании-они сделали промах и отказались) , моральная компенсация-2000р, рефинансировани-мизер, зарплату пересчитали, даже с лихвой, но... 1,5 года! !
Да, подавать заявление Вы должны-по месту юр. адреса организации это может стать проблемой для Вас.

А Вы уверены, что с 13 по 14 июня Вам не проставили прогулы?
Дата 11 июня (день написания заявления) согласована с руководителем как дата увольнения?
У Вас есть зарегистрированная копия заявления с резолюцией руководителя о подтверждении даты увольнения? Вы подписывали приказ об увольнении?

Файлы бывают разные. А вдруг Вы удалили важный контракт - его нужно распечатать, а текста нет, а другая сторона контракта подпишет его либо сегодня, либо никогда - упущенная выгода размером в 20 млн. Евро, возмещение которой предъявит Вам работодатель. Хотя я стращаю. Доказать Вашу причастность к этому практически невозможно.
А еще может у работодателя трафик ограниченный, а Вы сверх лимита накачали своей музыки из Интернета, и ему счет на приличную сумму выставили? Сейчас он все данные восстановит и предъявит Вам сумму нанесенного ущерба на основании выставленных счетов от провайдера.

Вы уж уточните у работодателя точно - уволены Вы или нет. Может Вас не уволили, прогулов не ставили, а ждут от Вас отчета о проделанной работе. А может Вам в отчете написать нечего, кроме того, что Вы все три месяца любовались своими фото и слушали музыку?..?

Насчёт штрафа - см. ст. 5.27. КоАП РФ.