может ли работодатель подать в суд на работника

Вы похитили деньги, которые Вам не принадлежат. Умный руководитель организации даже и в суд не пойдет, напишет заявление в полицию, а там будут рады такому подарку, работы на два дня, а уголовное дело готово.

Прогул и вычет из заработной платы.

в силу положений статей 22, 16, 66, 67, 70, 71, 80, 189 тк рф: трудовые отношения возникают между работником и работодателем на основании трудового договора, который считается заключенным, если работник приступил к работе с ведома или по поручению работодателя; работодатель ведет трудовые книжки на каждого работника, проработавшего у него свыше пяти дней, в случае, когда работа у данного работодателя является для работника основной; у сторон трудового договора имеются взаимные права и обязанности; работодатель имеет право требовать от работника исполнения им трудовых обязанностей; дисциплина труда - обязательное для всех работников подчинение правилам поведения; работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее, чем за две недели. . каких либо условий сокращающих названный срок кодекс не содержит, за исключением соглашения сторон и моментов, указанных в ст. 80 кодекса, а именно: когда заявление работника об увольнении, по его инициативе, обусловлено невозможностью продолжения им работы, а также в случаях установленного нарушения работодателем трудового законодательства;

касаемо удержания денежных средств работодателя, работник, при нарушении его прав, скажем, задержки выплаты заработной платы, вправе использовать, кроме прочих, такой способ защиты права как удержание;

ну а право на судебную защиту безусловно и гарантировано ст. 46 конституции рф

кроме прочего, правильно указано выше, работодатель вправе уволить вас за прогул

Если работодатель вас не оформил должным образом, значит он не платил за вас налоги. Деньги не отдавайте, но и не тратте. Надо заставить его полностью вас оформить на работу, как положено с записью в книжке и трудовым договором за вашей подписью. Далее, пусть подтверждает срок вашей работы и выдаст вам справку о уплате налогов из налоговой, с их печатью. Затем полностью начислит вам зарплату и вот тогда вы отдадите оставшуюся сумму ему. В противном случае вы можете обратиться в суд, а не он. Закон нарушен им, а далее последовали ваши действия, как предупредительные с требованием исполнения законодательства. Вставайте на эту позицию закона и действуйте так!

В лучшем случае самоуправство, в худшем хищение. Деньги лучше вернуть, пока не поздно, а с работодателем решать вопрос о выплате зарплаты
Статья 61. Вступление трудового договора в силу
Трудовой договор вступает в силу со дня его подписания работником и работодателем, если иное не установлено федеральными законами, иными нормативными правовыми актами Российской Федерации или трудовым договором, либо со дня фактического допущения работника к работе с ведома или по поручению работодателя или его представителя.
Но своим опрометчивым посупком Вы очень осложнили ситуацию не в Вашу пользу.

Вам повезло, хоть доказать что вы работали возможно, но мат ответственность наступает только с момента подписания акта или накладной на получение мат ценностей

на всё воля божья