Выплата по ученическому договору.

За несоответствие занимаемой должности можно уволить работника только в случае не прохождения им аттестации. Не знаю, какую должность Вы занимаете, но замечу, что НЕ ВСЕ работники подвергаются данной процедуре ( государственные и муниципальные служащие). В остальных случаях - это не законно. Поэтому, Вам следует требовать от работодателя обоснования своему увольнению. У Вас есть шанс его опротестовать. А в отношении выплату... В соответствии со статьей 249 ТК РФ возврат оплаты за обучение производится, если работник увольняется по неуважительной причине. Так что, добровольно ничего не выплачивается, пусть подают в суд, а Вы, в свою очередь, подавайте иск в суд за незаконное увольнение.

Статья 81. Расторжение трудового договора по инициативе работодателя.
...3) несоответствия работника занимаемой должности или выполняемой работе вследствие недостаточной квалификации, подтвержденной результатами аттестации;...
Как видим для увольнения по данному основания должна быть проведена АТТЕСТАЦИЯ. Для её проведения необходимо Положение об аттестации, программа по каждой должности, комиссия и соблюдение процедуры. По опыту скажу всё это есть только в крупных организациях, а не соблюдение процедуры ведёт к признанию увольнения по данному основанию не законным. К тому же имейте ввиду, что компесация по УД расчитывается пропорционально неотработанному времени.
Далее читайте свой УД, но внесение в него положений противоречащах ТК РФ, делает их ничтожными (не законными).
Статья 206. Недействительность условий ученического договора.
Условия ученического договора, противоречащие настоящему Кодексу, коллективному договору, соглашениям, являются недействительными и не применяются.
Статья 249. Возмещение затрат, связанных с обучением работника.
В случае увольнения без уважительных причин до истечения срока, обусловленного трудовым договором или соглашением об обучении за счет средств работодателя, работник обязан возместить затраты, понесенные работодателем на его обучение, исчисленные пропорционально фактически не отработанному после окончания обучения времени, если иное не предусмотрено трудовым договором или соглашением об обучении.